教育局有十四个部门，即:
(1)办公室(市教育委员会办公室)
协助局领导组织协调机关日常工作。负责文秘、档案、保密、接待、安全和后勤管理服务工作；负责教育系统政府督学的督导、调研和信息交流；承办NPC代表建议和CPPCC提案。
(二)组织部(市教委组织部)
按照管理权限负责全市教育系统党的思想和组织建设。负责局机关和直属单位领导班子管理和干部队伍建设；负责市属学校单位和民办学校党的基层组织建设、党员教育和管理工作；负责教育系统干部的教育培训工作；指导和协调教育系统的知识分子工作；负责局机关和直属单位的全面目标考核；负责党员干部因公、因私出国政审；负责全市教育系统的统战工作。
(3)宣传法规部(学生思想道德教育部)
负责在全市教育系统宣传党和国家的教育方针政策；研究全市教师职业道德教育和师德建设规划；指导全市教育系统的精神文明建设和思想政治工作；组织全市教育系统支持共建活动。负责制定全市教育改革和发展战略规划，重大问题的调查研究，组织起草全市教育工作的地方性法规、规章和规范性文件；承办教育行政复议和应诉行政诉讼；指导教育系统法制建设和依法治校工作。负责制定全市学校德育计划，指导、检查全市学生思想道德建设；指导全市各级各类学校贯彻落实中央、省、市关于未成年人思想道德建设的意见。
(4)发展规划办公室
制定全市教育发展规划、年度计划和招生计划；规划和指导各级各类学校的建设和管理；会同有关部门负责幼儿园、中小学、职业学校、市属高校和驻济函授工作站、自学考试助学机构(含各级各类民办学校)的设置、合并、更名和调整的审批；统筹管理全市教育资源配置，参与全市城市建设中教育设施配套规划的审批；负责全市中小学布局和结构调整；按照规定权限负责城市教育基础设施项目的审核和上报，负责教育系统重点项目建设的监督管理；负责全市教育统计工作。
(5)学前教育办公室
统筹管理全市幼儿园(含民办幼儿园)教育。负责全市学前教育发展规划、布局调整和体制改革；负责全市幼儿园(所)的分类分级工作；制定幼儿园教育教学管理办法，并检查执行情况；指导幼儿园教育教学改革实验和成果推广。
(6)基础教育司
统筹管理全市基础教育。组织指导实施九年义务教育和普通高中教育，并负责监督检查；负责普通中小学(含民办学校)的教育行政管理；负责制定中小学招生政策，并协调实施；负责组织全市普通高中毕业考试；负责民族教育和特殊教育。
(7)职业和成人教育司
统筹管理全市中等职业教育和成人教育。负责职业中等学校(含民办学校)教育行政管理和全市中等职业学校(含民办学校)学籍管理；负责职业学校(含民办学校)的专业设置和毕业生就业指导；负责全市社区教育及相关教育机构、高校函授站和自学考试助学机构的管理和指导。负责成人教育学会、外语学会、社会力量办学协会、德育研究会的指导工作。
(8)高等教育和教师培训部
统筹管理全市高等教育和师范教育。负责直属高校(含民办高校)和师范类高校的教务管理；负责市属高校专业设置和调整的指导工作；参与高等教育的发展规划、结构调整和体制改革；牵头制定教师培训相关办法，管理全市各类学校教师培训和进修工作；组织全市教师继续教育和学历教育。
(9)体育卫生与艺术教育司
综合管理各类学校的体育、卫生、艺术教育和特色教育；制定参与学校体育、卫生、艺术教育的相关措施和办法，并检查执行情况；指导学校开展体育、健康、艺术教育和科技教育的教育教学改革；组织学生体育竞赛和艺术交流；指导学校的国防教育、学生军训和科普基地工作。
(10)技术设备和学校安全司
编制全市教育技术装备工作计划，负责教育系统信息化建设，开展实验教学，指导实验室建设。负责全市教育系统的社会治安综合治理和稳定工作；指导和协调教育系统的安全教育工作；负责全市依法办学执法检查和大型活动安保工作。
(11)财务审计局
编报市级教育经费(含市教育费附加)年度预算和决算；管理直属单位基建专项经费和业务费；指导教育系统的会计工作；负责外国教育援助和贷款的管理；根据有关规定和管理权限，负责教育系统国有资产的管理；负责教育经费的管理规定和筹集。
(十二)对外交流与合作办公室
负责全市教育系统的国际合作与交流。学校将指导管理外国教育专家、教师和出国留学人员。承担全市教育系统出国(境)考察团组的审核和申报工作；负责外国教育专家学者的聘用管理和教育资助工作；指导全市教育系统的宣传工作。
(十三)人事部门
研究全市教师队伍建设规划，负责机关及下属单位人事、劳动保险工作；负责师范院校毕业生的就业指导；负责全市教师资格的管理和指导；指导济南教育人才交流服务中心的工作。
(14)离退休干部办公室
负责机关离退休人员的管理和服务，指导下属单位离退休干部的管理和服务，协调老教育工作者协会的工作。
