海马主要以小型甲壳动物为食,如桡足类和卷须类的藤壶幼体,虾类(如萤火虫虾、糠虾、钩虾)的幼体和成体等等。人工养殖的海马以糠虾和樱桃虾为食,其次是桡足类和甲壳类。
正常情况下,海马每天的食量约占体重的10%。海马一次进食量大,同时耐饥能力强。从新生苗种到成鱼的耐饥时间可长达4 ~ 132天。