鲸的祖先是中爪兽。鲸鱼的祖先原来是陆生动物,后来逐渐进化成两栖动物,再后来变成完全的水生动物。这个进化过程开始于大约5000万年前,在这个过程中进化出了许多分支物种。
根据已发现的化石,最早的鲸类是原鲸类(Protocetacea),是一个过渡物种。它进化出了一个呼吸孔,但它仍然有后肢和一个奇怪的形状。