国民党统一和军队统一的区别在于:
1.性质不同:钟通是国民党中央的情报机构；童军是国民政府军事委员会的情报机构。
2.主要负责人不一样:中央的领导是陈和陈立夫兄弟；军事领袖是戴笠和毛仁凤。
3.任务不同:中央的工作重点是监视国民党机关内部情况，打击国民党以外的一切党派，控制舆论和思想；军事统一的主要任务是收集各种信息，监视和整顿军队，逮捕和暗杀敌对势力。
4.管辖区域不同:军制主要管辖军队、警察宪法、各地交通部门；中央政府主要管国民党的党务，管全国的行政机关和学校，管教育舆论。
童军是蒋介石掌管的情报组织，由戴笠、毛仁风领导，隶属于军队，主要负责军队内部的情况。中统是陈和陈立夫控制下的一个情报组织，主要负责军事以外的情况。中央军制初期，权力大于军制。后来随着蒋介石影响力的提升，军统地位逐渐超过中央军统。
