杭州东站，一座高度现代化的客运特等站。全国大型铁路枢纽站之一也是亚洲最大的交通枢纽之一。总建筑面积约100万平方米，总投资约250亿人民币，拥有站台15座，30条到发线。杭州东站是前往杭州旅游的首选火车站。
2003年6月13日，铁道部高速办约见南京市政府，通报京沪高铁的最新进展。之前，这项工作已经停滞尘封多年。铁道部放弃了自己原先倾向的北线方案，采用了南线方案。而再向前追溯，南京市规划局在1986年前就开始谋划“南京向南”。对于建设者来说，南站，从2008年开始；而对于规划者们来说，南站，始于1991年。
铁道部开展京沪高铁选线，提出“北线方案”，即从上元门地区，通过隧道过江。南京的规划部门则拿出“南线方案”，从大胜关过江。究竟走北线还是走南线，铁道部牵头，进行比选。当时得出的结论是：两个方案在技术上都可行，主要差别在于工程造价、经济效益、运营条件等方面。
江苏省和南京市要求南线方案，而铁道部看好的始终是北线方案。南京力主南线，是放长了眼光。如果从南京北部走，已经不具备扩建条件。南京火车站虽然前面是玄武湖、背面是小红山，景观很美，但是已经没有拓展空间。当然，这只是其一，更重要的是，在全国任何一个城市，铁路带动城市发展的效果都非常明显，南京要想进一步发展南部区域，这是个好机会。显然，高铁建在哪里，也就意味着南京今后的发展框架，是继续囿于老城狭小的空间里，还是大步向南拓展。最值得一提的是，南京早在1986年就预留了南京南站地区的规划空间，早在1991年南京南站就有了“影子”。
铁道部青睐北线，理由很明了：新线与既有线的衔接方便。清末1900年前后修建的京浦铁路，即从北京到浦口；在长江南岸，之后又修建了沪宁铁路。浦口火车站、下关火车站、南京站，南京重要的火车站，向来都是位于城北。并且，当时铁道部的人都认为，南京的城市中心就在北边。另一方面，铁路的机务段、职工宿舍等都在城北，建成之后，职工上下班都方便。
为说服铁道部，南京一口气列出了南线的九大优势：无论高铁从哪里走，从完善南京枢纽总体布局的角度来看，都必须建大胜关长江大桥；根据国务院批准的南京城市规划，城市今后将主要向东南方向发展，大胜关方案符合城市扩展方向；南面的场站位置已预留多年，有较为理想的建站条件；沿线拆迁量小，对城市干扰和环境影响小；利于形成方便的铁路——航空换乘及铁路与城市道路联结条件……不过，这些最初并没有打动铁道部，铁道部仍然坚持北线方案。
双方意见对峙了好几年，为了促进高铁尽快上马，1995年，南京稍稍“松口”。在当年的一份紧急报告里，有这样一句话——“南北方案之争不宜过多坚持，而从规划上对北线方案提出完善意见为妥”。
南京市规划局做了两手准备，针对南线、北线方案，分别做了规划控制。从1995年起，南京根据两个方案，开始分别严格控制沿线用地建设。而这个具有预见性的做法，使得后来的工作变得轻松许多。
京沪高铁的前期工作进展，极为缓慢，甚至搁浅停滞相当长的一段时间。铁路要在速度上与民航竞争很多人持怀疑态度。直到2003年，铁道部新一任领导班子打算大跨越式发展铁路，京沪高铁才被再度提上议事日程。并且，高铁从南京怎么过，铁道部这一次也改主意了。
南京从2001年起，提出“一城三区”的格局，城市南边发展的动力已经非常强劲。铁道部改主意是因为看到了南京多年的坚持是对的；也发现，如果走北线，城市北部的空间已经很局促，到时候车辆的准备场、作业场选址都是麻烦事。另外，如果采用北线过江方案，存在1000米半径的控制线，到时车速将受到一定限制。而大胜关可以一路笔直前行。坚持了这么些年，南北之争就此落幕。南京终于全面启动高铁移到城市南部的工作。而北线方案也没白做，后来，这里建了沪宁城际。如果没有超前控制，可想而知，两条铁路沿线的拆迁量会有多庞大。
有了十几年的准备，对于铁道部的突然改变主意，南京胸有成竹。规划部门立即成立“京沪高速铁路规划工作领导小组”，仅用一周时间就完成了《京沪高速铁路南京段有关情况汇报》，阐述了南线方案概要，以及影响、对策。线路走向敲定，争执远远没有结束。
原本铁道部打算用传统的夯土方式，从地面走铁轨。夯土方式的缺点，老百姓都深有体会，一条铁路硬生生就将两边的空间隔开了。现在南京城北就是典型的例子，车站及铁路以南，很繁华，可是以北地区，则发展的较为缓慢。南部新城正是城市发展的新方向，不能再人为筑起一道“城墙”将主城与江宁割裂开来，南京提出：必须采用全线高架的方式。
2006年，铁道部在北京举行了一次方案审查会，铁道部公布了自己的论证方案，方案里仍是地面铁路线。南京则坚持建高架。从2006年到2008年间，南京市规划局几乎每个月至少有人进京一次，在专家发言之前就抢着发言，一遍遍表达南京的观点。直到2008年3月，铁道部终于决定采纳高架方案。
南京南站地下空间使用铁道部拿出的方案是中间只有156米宽，只有地铁通进来，除了南京地铁1号线、南京地铁3号线的换乘厅，以及设备房和出站通道，其余部分全部用高填土填起来。其它换乘方式只能在车站外围。如果从长途汽车站下车后来坐高铁，直线距离是300多米，但是实际要走1200多米。
旅客拎着行李，要走1200多米肯定累坏。他们立即组织了几轮规划论证，来说服铁道部改变原来的方案。南站地区是丘陵地区，承载条件较好，基岩比较浅，地下20米就可以打到持力层。从成本上计算，地面12.4米做架空空间，成本和高填土方案成本基本接近。经过论证，铁道部赞成了这个方案。
2008年奥运会前夕，南京南站的规划设计方案最终尘埃落定，南京规划局坚持的四条意见全部被铁道部采纳，这四条意见是：交通的零换乘；充分开发地下空间，完善公共服务配套设施；实现快进快出大交通格局；按程序审批。特别是前面三条意见，让南京南站的设计理念领先全国。就在这份规划方案敲定之前，北京南站开通，落后的交通换乘方式让公众诟病，上海的虹桥站也是如此。
南京南站即将开通，被誉为“亚洲第一”强调的也就是服务第一，真正实现了零距离换乘。南部新城总规划师、东南大学建筑学院副院长段进感慨万千，“我接触高铁站的规划十几个，做得最好的就是南京南站了，通过上下垂直通道，换乘很方便。”段进称，前段时间，他带了一些国外交通专家到南站进行了参观，大家都非常认同该站的“零换乘”方案，“同时，南京南站引领国际的还有‘小地块密路网’模式，全世界80多个国家对此进行了统计，发现这种模式不会堵车，非常利于交通组织，而南京南站所在的南部新城就采服了该模式。
