通航后，哈密机场获准开通的第一批支线机场航线有3条，分别是哈密至乌鲁木齐对开、哈密至库尔勒对开、哈密至敦煌对开。2009年将有望开通哈密至兰州对开、哈密至西安对开及乌鲁木齐———经停哈密———广州（包机）。
2012年冬春季航班时刻表 （有效期2012-10-30到2013-03-30） 航班号 航空公司 起点 终点 起飞时刻 到达时刻 班期 CZ6689 南方航空公司 乌鲁木齐 哈密 08：45 09：50 124567 CZ6318 南方航空公司 乌鲁木齐 哈密 14：15 15：20 3 7 CZ6690 南方航空公司 哈密 乌鲁木齐 10：45 11：45 1234567 CZ6317 南方航空公司 哈密 乌鲁木齐 12：10 13：15 3 7 CZ6317 南方航空公司 郑州 哈密 08：00 11：20 3 7 CZ6318 南方航空公司 哈密 郑州 16：10 19：00 3 7 2013年8月27日，由中国国际航空公司执飞的北京—哈密—库尔勒往返航线将正式首航，执飞机型为波音737，每周飞行3班（周二、周四、周日），航班号为CA1267/8，北京起飞时间为07：30，哈密起飞时间为11：45，库尔勒到达时间为13：15，库尔勒起飞时间为14：00，哈密起飞时间为16:10，北京到达时间为18:50。开航机票半价起售。 新疆机场集团哈密机场总经理 陈军介绍：这一航线的开通增大了哈密的人流、物流的发展，同时对哈密机场来说也提出了更多的标准和要求，我们将努力提升哈密机场的服务水平，为哈密社会的老百姓、为航空公司提供更多的优质服务。
哈密机场是进疆航路第一空港，北京—哈密—库尔勒往返航线开通后，哈密出疆航线将达到3条，疆内航线3条，每周往返航班达到27个，极大地满足哈密各族群众出行的需要，也将助力旅游产业快速发展。
