截至2016年10月，南通高铁站为南通站，目前只通动车、普快列车，未通高铁列车。
从南通站有到南京站的火车，没有到南京南站的火车。每天21个车次，如图所示。
因部分列车运行调整，运行时间未显示。
南通到南京的火车是到南京火车站的，位于南京市玄武区，紧邻玄武湖公园。
如果是到南京南站的话，会在火车票票面上写明“南通-南京南”。
