后来，木府毁于战乱和动乱，只残存零星的建筑。一九九六年丽江大地震后，百废待兴，丽江人民在政府重整家园号召的激励下，利用世行贷款，仅投资四百多万元就在原址上重新建起气势恢宏的木府建筑群。
修复重建的木府占地46亩，坐西向东，沿中轴线依地势建有忠义坊、义门、前议事厅、万卷楼、护法殿、光碧楼、玉音楼、三清殿、配殿、阁楼、戏台、过街楼、家院、走廊、宫驿等15幢，大大小小计162间。衙内挂有几代皇帝钦赐的十一块匾额，上书“忠义”、“诚心报国”、“辑宁边境”等。有人评价：“木府是凝固的丽江古乐，是当代的创世史诗。”
最为醒目的是，在第一个大殿“议事厅”廊檐下照间和左右两个次间的门楣上挂着三块大匾，均是“诚心报国”的字样。据介绍，正中匾为“明太祖钦赐”右匾为明永乐皇帝赐左边为嘉靖皇帝赐，分别赐与不同时期的木府当政者。其正中的匾是明太祖朱元璋于一三八三年在当时木府的执政官木得赴南京供马时，赐与并恩赐其姓“木”。木府便由此而得名。
如今，占地四十六亩、有近十座大宫殿、中轴线长三百六十九米的丽江木府，又重新立于古城中心，为丽江古城增添了历史的厚重和独特的风韵。
1、木府坐落于丽江古城狮子山下，占地百余亩，气势恢宏，美轮美奂。木府是纳西族木氏土司衙门的俗称。这个坐落于丽江古城，甚至曾与故宫相媲美的宏大木府的主人，就是横跨了元、明、清三朝，历时470余年的木氏土司家族。从元代开始，为了便于对西南少数民族进行统治，中央王朝的统治者实行了土司制度。中央王朝将各个少数民族的部族首领封为土司，形成了诸多：“世有其地、世管其民、世统其兵、世袭其职、世治其所、世入其流、世受其封”的土官。这些少数民族的土司家族，完全成为了他们所占据土地上的土皇帝，土司的职位也世代传承，与皇帝无异。甚至许多土司在其统治的土地上仍实行着奴隶制，对其领土上的居民更是生杀予夺。这些事实上割据一方的土司们，由于在其领土范围内极大的权力，聚集了庞大的财富，甚至军队也完全私有。很多土司家族甚至传承了数百乃至上千年，横跨了数个王朝。经过以百年为单位的积累，土司们往往积累了庞大的财富，甚至富可敌国，有的土司也逐渐滋生了野心。
2、著名的万历三大征之一的播州之役，就是在万历年间平定播州世袭土司杨应龙的叛乱。当然，有因野心叛乱的土司，也有爱国的土司。明朝末年，为明朝立下赫赫战功的白杆兵，就是著名的女将军、四川总兵、石砫土司秦良玉麾下的土司精兵。西南地区的少数民族，由于落后的制度及文化，一直以来都是以部族为单位实行着奴隶制或农奴制，少数民族的部落首领对部族拥有着绝对的权力。纳西族也不例外，木氏家族的先祖早在唐朝时就已经成为了纳西族的部落首领。
3、元朝忽必烈灭亡南宋时，曾经经四川、云南首先灭亡了大理。在途经云南时，纳西族首领，木氏先祖，果断的投靠了忽必烈，被忽必烈封为了茶罕章管民官。这也是木氏先祖最早成为土司官之始。
4、明太祖朱元璋崛起，建立大明后。洪武15年，明朝大军征讨云南。木氏先祖阿甲阿得再次做出了准确的判断，投靠了明朝，也因此，阿甲阿得被明太祖朱元璋赐姓为“木”。木姓的来源也来自于朱元璋的“朱”，去掉了一撇一捺。
5、木氏土司在明朝达到巅峰，他们北上与吐蕃争夺土地，并大力在统治范围内开采矿产，兴修水利，推广中原文化。统治范围除传统的丽江外，还一度达到了西藏、四川边界，成为了云南三大土司之一，更以富庶闻名。木府作为木氏土司的统治中心也达到了它的巅峰。
6、到清朝时，木氏土司依然延续着对丽江及周边地区的统治，但是势力已不如明朝。清朝雍正元年，清政府对西南土司开始了改土归流，木氏土司失去了对丽江地区的世袭统治。但木氏家族对于当地仍有巨大的影响力。木氏土司自元代开始，到清朝雍正年间截止，历经22世，470余年。
纳西人说起“木老爷”来，就跟我们提到自己的老祖宗一样亲切。
木老爷，从前就是这座浩大宅第的主人。
简单一点说，五六百年前的木府，就是丽江古城中的“紫禁城”。
它是纳西民族发展史中最值得大书特书的一笔。
有学者指出，“不到木府，等于不到丽江”。
留于世的明、清木府古建筑，建筑之宏伟、宫殿之辉煌、雕刻之精致、构件之玲珑、绘画之璀璨，真可谓美轮美奂，无与伦比。
木府是丽江木氏土司衙门的俗称，木氏土司家族历经元、明、清三个朝代，鼎盛时期木府占地一百多亩，有近百座建筑，是八百年大研古城的心脏所在。
尽管它只是一座土司的宅院，但它的奢华与恢宏，并不亚于任何一座王公贵胄的官邸。
据《丽江府志》记载，从前的木府殿堂巍峨、布局严谨，仅中轴线就有369米长，中轴线上分别有议事厅、万卷楼、护法殿等大殿，两侧房屋罗列，楼台亭阁，数不胜数；花园回廊，风格别致。
其总体建筑风格为“仿紫禁城而建”。
丽江木府位于丽江古城，是丽江木氏土司当年在丽江的宫殿，纳西民族首领木氏自元(1253) 世袭丽江土知府以来，历经元明清三代22世470年，所以木府是丽江地区政治、文化中心，2013年是国家AAAA级风景区。
讲述丽江木氏土司风云故事的电视剧《木府风云》就是在这里拍摄的。
所谓“北有故宫，南有木府”，丽江木府是丽江文化的大观园。
1996年大地震后，世界银行慧眼识宝，贷巨款相助重建木府， 丽江能工巧匠精心设计施工，经三年时间，使木府如凤凰涅槃般再现于世。
木府在西南诸土司中以知诗书好礼守义而著称于世。
明末时达到鼎盛,其府建筑气象万千,古代著名旅行家徐霞客曾叹木府曰：宫室之丽,拟于王室。
整个木府占地46亩，中轴线长369米，建筑群坐西朝东，迎旭日而得大气。
木牌坊上大书天雨流芳 四字，乃纳西语读书去吧之谐音，体现纳西民族推崇知识的灵心慧性，石牌坊通体皆石，结构三层，是国内石建筑的精品；议事厅端庄宽敞，气势恢弘，是土司议政之殿；万卷楼集两 千年文化遗产之精粹，千卷东巴经，百卷大藏经，六公土司诗集，众多名士书画，皆是翰林珍奇，学苑瑰宝，护法殿又称后议事厅，是土司议家事之殿，光碧楼乃后花园门楼，史称其建筑称甲滇西，玉音楼是接圣旨之所和歌舞宴乐之地三清殿是木氏土司推崇道家精神的产物，而狮山古柏深处，还有木氏土司祭祀天祖，,迎旭日而得木气,左有青龙（玉龙雪山），右有白虎（虎山），背靠玄武（狮子山）,东南方向有龟山,蛇山对峙而把守关隘,木府怀抱于古城,既有枕狮山而升阳刚之气，又有环玉水而具太极之脉。
大自然的场所，木府充分体现了纳西民族广纳多元文化的开放精神 。
