个人建议：
第一天到南京 跑太远的景点不太现实，根据自身经济能力选择玄武门附近快捷酒店或者旅馆（也有类似连锁青年旅馆之类，另外查），住的地方先确定有备无患。然后坐市内公交车（很多车，不罗嗦）去总统府，（总统府从明代朱元璋的儿子之一作为汉王府一直到民国总统府，其间经历了清代两江总督府，江南总督府，江宁织造府，洪秀全天王府，民国总统府，大有内容可讲，但在里边即使找讲解员也很难全面了解，建议自己要在历史文献或者网站上自己找找，然后再有目的的看，到时候你会发现你知道的比那些讲解员还要多，她们因为种种原因有些事情即使知道也没法给游客们介绍），仔细游览的话大概要3-4个小时。
然后在总统府对面坐44路公交车到平江府路下，向西穿行200米左右就到了夫子庙，夫子庙现在重建的规模比较小，但是也有厚重的历史（晋代建学宫，宋，明历代扩建，至清代规模最大，形成现在的格局。分庙，学宫，江南贡院三部分，庙为祭祀，学宫为学堂，贡院为考试，江南贡院为当时东南各省文教建筑之首，单考间就达到2万余间，江南指江南省，即现在的上海市全部，江苏浙江江西安徽四省各一部分，当时经济最发达地区）。其他要留意的地方，孔子为什么被称为孔老二，孔子弟子三千，但有四亚圣，十二门生之分，分别指谁，都要了解了解。里边有国内最大的纸质孔子画像，仿照吴道子的蓝本所画也要看看。附近有乌衣巷（名句旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家出自这里），王谢故居（现在成陈列馆），文德桥（文德分月，11月15日子时，明月被文德桥所分），现在存遗迹，看看还能不能找到诗中的意境吧。晚上回去睡觉，如果精力有余，可以就近看看玄武湖夜景（前边已经建议定旅馆在玄武门附近），玄武门是朱元璋所修南京城门之一。
第二天，城内的已经熟悉了一天了，这天可以跑远点，先去中山陵（南京专门辟有各个景点专用公交车，方便，不罗嗦），记得，都是依山所建的实物景点，很费体力，注意速度，中山陵主要注意一下几点，谁建的,（吕彦直，他老师是美国人，当时在中国设计了包括南大，南师大校内很多建筑，形成了独特的中西合璧的建筑文化特点）。孙死后的那段事（在北京因肺部疾病去世，当时未直接运回南京，因为陵没修好，暂存潭柘寺，陵园建好后运回南京，现在的中山东路，中央饭店至钟山脚下一段为当时专用来运棺木所修）。灵谷寺，原来是座寺庙，后来抗战毁坏严重，最著名建筑无梁殿（国内跨度最大的拱形大殿）也辟为烈士纪念馆。大概看看就可以。
第三天如果有时间，可以看看夫子庙附近的瞻园，我们国内园林主要分三种风格，北方园林（皇家园林），江南园林（私家园林），岭南园林（现存不多），北方园林大多实物实景，磅礴大气，庄重严肃。南方园林，小巧俊雅，清秀灵动。瞻园取二者之所长，既有北方园林的大气（太平天国时为东王杨秀清府宅），又有江南园林的灵气（相当一段时间作为私家宅院公园），个人认为很值得一看。
吃的，鸭血粉丝汤（找点有规模的店子吃），皮肚面，盐水鸭（或者桂花鸭）。
暂时想起来这么多，谨供参考。
中山陵
亮点：孙中山陵墓、南京地标
紫金山上的中山陵，是孙中山先生陵寝的所在地。其在南京的人气，不亚于故宫之于北京。自2010年免费开放以来，每天都有上万游客来此一睹这座南京地标的风采。
整个中山陵地形随山势升高，在到达祭堂前，你会经过博爱坊，刻有孙中山先生手书“天下为公”的陵门，以及约30层楼高的392级石阶。祭堂内立有孙中山大理石雕像，需排队从一小门进入墓室，凭栏绕行一周。墓室内石馆上方摆着1:1还原的孙中山雕像，而他的遗体则安放于石棺之下。
特色体验 | 陵园路赏法国梧桐
200年前，法国传教士在南京栽下第一棵梧桐，从那以后，法桐就成为这个城市的历史见证和文化名片。中山陵外的陵园路两侧的梧桐为1929年孙中山奉安大典时所栽，高大茂密，是游客欣赏南京梧桐风景的好去处。
开放时间及门票
8:00-17:30（每周一关闭祭堂与墓室），免费
推荐游览时长
半天
中山陵
·位于钟山风景区，孙中山先生的陵墓，墓地全局呈“警钟”形图案，被誉为“中国近代建筑史上的第一陵”。 ·到中山陵顶需爬长长的台阶，每过一段台阶会有一块平台以便歇脚，这里有一个设计上的视觉手法，不妨留心一观。 ·景区内还有音乐台、行健亭、光化亭、流徽榭、藏经楼等多处纪念性建筑，值得一游。 ·陵寝需要提前预约入园时间，建议提前一天以上预约门票，也可以买套票观光，景区内有观光车。
周边游：明孝陵
明孝陵同样位于紫金山，为朱元璋及马皇后的合葬陵，也是中国古代最大的帝王陵之一。静谧曲折的神道是明孝陵的一大看点，行走其间，可仔细观赏两侧文武将与神兽石雕。帝后合葬的地宫就在圆丘形的宝顶内，目前陵墓尚未被打开，游客只可通过砖墙上的“明太祖之墓”来想象这座皇陵的神秘。
钟山风景区-明孝陵景区
·在钟山风景区内，是明太祖朱元璋与马皇后的陵墓，宏伟壮观，是我国古代最大的帝王陵寝之一。 ·明孝陵前后历时38年才建成，开启了明、清两代帝陵的规制，现存的仅为陵园最后部分。 ·陵园总体布局气魄恢宏，技艺高超，特别是明孝陵的神道长达2400米，曲折幽深。 ·游览明孝陵，一般是从南边进入，经过S型的神道后，继续向北直至宝顶。
其他不可错过的周边景点
紫金山一直为南京城山水人文的荟萃之地。除了中山陵、明孝陵，这里还有藏有玄奘顶骨舍利的灵谷寺、形似珍珠项链上的绿宝石的美龄宫及孙权墓在内的名人将士陵墓等。不妨多花半天的时间在此览尽紫金山的自然和人文风光。
夫子庙-秦淮风光带
亮点：秦淮夜景、金陵风光
夫子庙一带的秦淮风景最能代表人们印象中的金陵风光了。尤其是入夜后，商贩云集，人头攒动；河中船来船往，霓虹倒影点点。在贡院街的青石板路上走走，仍能感受到曾经“六朝金粉地”散发的十足活力。
秦淮河旁的夫子庙是深受游客欢迎的祭孔祈福之地。游客可以在大成殿外悬挂几只祈福牌以求学业上的进步。与之一巷之隔的江南贡院则是中国最大的科举考场，不妨在这里一睹百年前的考场模样。
特色体验 | 乘画舫夜游秦淮
画舫是行驶在秦淮河上的特色游船。等华灯初上时，乘着画舫泛舟河上，既可躲开岸边的人山人海，又能听着讲解，换个角度感受秦淮的历史和景色。
开放时间及门票
夫子庙大成殿，8:00-21:30，30元；
江南贡院，8:30-22:00，20元；
画舫，日间，60元，夜间，80元
夫子庙-秦淮风光带
·夫子庙-秦淮风光带是一座集自然风光、山水园林、庙宇学堂、街市民居、乡土人情为一体的国家AAAAA级旅游区。景区以夫子庙古建筑群为中心，以十里内秦淮河为轴线，东起东水关公园，西至西水关公园（今水西门）。 ·南京夫子庙位于南京市秦淮区秦淮河北岸贡院街、江南贡院以西，即南京孔庙、南京文庙、文宣王庙，为供奉祭祀孔子之地，是中国第一所国家最高学府，也是中国四大文庙，为中国古代文化枢纽之地、金陵历史人文荟萃之地，不仅是明清时期南京的文教中心，同时也是居东南各省之冠的文教建筑群，现为夫子庙秦淮风光带重要组成部分。 ·秦淮河是南京的“母亲河”，是孕育金陵古老文化的摇篮，其内秦淮河全长五公里，史称“十里秦淮”，这里也是是夫子庙-秦淮风光带精华所在。 ·泛舟秦淮，游览中国第一历史文化名河——秦淮河已经成南京特色旅游品牌，“夜泊秦淮”更被喻为南京水上游览经典之旅。
周边游：乌衣巷
从文德桥跨过秦淮河，就可以到达乌衣巷了。王谢故居纪念馆就位于翻修后的白墙黛瓦内。多数人则是因为刘禹锡的诗句“旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家”慕名前来。院中有一处“曲水流觞”，让游人对当年生活在这里的贵族雅士生活产生无限幻想。
乌衣巷
·乌衣巷位于夫子庙南，三国时是吴国茂守石头城的部队营房所在地。 ·当时军士都穿着黑色制服，故以“乌衣”为巷名。 ·士子游人不断，成为瞻仰东晋名相、抒发思古幽情的胜地。 ·目前这里是一条狭窄的小街，两侧的铺面房为民间工艺品店。
其他不可错过的周边游
如果你是87版《红楼梦》或《新白娘子传奇》的影迷，那么不要错过他们的取景地瞻园。
瞻园
·瞻园是南京现存历史最久的一座园林，始建于明嘉靖年间。 ·布局典雅精致，有宏伟壮观的明清古建筑群，陡峭峻拔的假山。 ·北宋太湖石和清幽素雅的楼榭亭台也位于此，王府中至今珍存着镇宅之宝“虎字碑”。 ·园中有世界上最早的空调建筑“铜亭”，园中东部以古建筑为主，西部为园林，园中以假山及水榭著称。
总统府
亮点：民国标志建筑、国民政府办公楼
总统府曾经是国民政府的办公地，它所在的建筑群也已有六百多年历史。从太平天国时期天王府的旧址，到解放军解放南京城登上的门楼，你可在这片大院中纵览南京跌宕的近代史。
走进总统府，大堂典型的中式建筑与西式大门形成鲜明对比。沿着红柱长廊走下去，就是国民政府的办公楼子超楼。二层是总统府的枢要之地，游人可以一窥蒋介石办公室的样貌。游览至西区，还可以在煦园中欣赏皇家园林级别的江南风光。
开放时间及门票
8:30-17:00，周一闭馆；40元
推荐游览时长
2小时
总统府
·南京总统府建筑群迄今已有600多年历史，分三个区域，中区（中轴线）、西区和东区。 ·总统府是国民政府中央所在地，见证着太平天国与两江总督衙门的兴衰。 ·南京总统府拥有诸多保存完好的近代中西建筑遗存、珍贵的文物史料以及风景优美的园林绿化环境。 ·中西结合的院落，西式办公楼，中式花园，保留了江南古典园林一样的格局，亭台楼阁，小桥流水。
周边游：六朝博物馆
沿长江路走几分钟，即可从总统府到达六朝博物馆。这里集中展示了六朝时期的南京城市风貌和一千六百多件文物。由贝聿铭之子贝建中设计的博物馆将江南园林的元素搬入了室内，加上光影的配合，让参观完的游人对六朝古韵留下深刻印象。
南京六朝博物馆
·是中国目前了解“六朝古都”最全面的遗址博物馆，也是反映六朝文化最系统的专题博物馆。 ·展陈的核心主题是展示“东方大都会”的风采，内设六朝帝、千古风流、六朝风采和六朝人杰四个展览。 ·馆址是原六朝建康城的一部分，正是因为这处千年遗址的出土，才有了今天的六朝博物馆。
南京博物院
亮点：镇院之宝展、老南京街景
南京博物院的前身为国立中央博物馆，最初用于收纳南迁的故宫文物。改造后的南博采用一院六馆的形式，汇集了江苏乃至全国的珍贵文物。在历史馆内，你可欣赏到考古史上发现的第一件银缕玉衣以及国宝级文物大报恩寺琉璃拱门。旁边的特展馆还设有镇院之宝专题，游客可饱览更多珍贵藏品的风采。
除了参观展台上的藏品，逛逛位于艺术馆下的民国馆也是在南博有趣的体验。这里仿照民国时的南京样貌，街边的牌匾和器具也多为民间征集到的文物，而像新街口交通银行等街景在今天的城市中仍可找到。
开放时间及门票
周一，9:00-12:00（周一逢国家法定节假日全天开放）；周二至周日，9:00-17:00
免费
南京博物院网址：
www.njmuseum.com
推荐游览时长及线路
3-5小时
历史馆-特展馆-数字馆-民国馆-艺术馆
