福建医科大学的附属医院包括：
直属附属医院：
1、福建医科大学附属协和医院，院址：福建省福州市鼓楼区新权路29号
2、福建医科大学附属第一医院，院址：福建省福州市茶中路20号
3、福建医科大学附属第二医院，院址：福建省泉州市中山北路34号（鲤城院区）；泉州市丰泽区东海大街950号（东海院区）
4、福建医科大学附属口腔医院，院址：福建省福州市鼓楼区杨桥中路246号
非直属附属医院（含临床医学院）：
5、省立临床医学院（省立医院），院址：福建省福州市东街134号
6、福总临床医学院（福州总医院），院址：福建省福州市西二环北路156号
7、福建医科大学附属漳州市医院，院址：漳州市胜利路59号（市政府对面）
8、福建医科大学附属泉州市第一医院，院址：福建省泉州市东街248-252号
9、福建医科大学附属三明第一医院，院址：福建省三明市列东街29号
10、福建医科大学附属龙岩第一医院，院址：福建省龙岩市九一北路105号
漳州市第三医院，现为福建省“120”交通事故、职工及城乡居民医疗保险、工伤、婚育、白内障复明手术定点医疗机构，多次被漳州市委、市政府评为文明单位，并与福建医科大学附属第一医院、第七十三集团军医院（原解放军第174医院）、厦门大学附属心血管病医院建立协作关系。秉承将心比心，视病犹亲的核心价值观及用心打造健康，用爱呵护生命的办院宗旨，不断提升医疗服务质量和水平，将以更精湛的医术，更舒适的环境，更优质的服务，为人民群众服务。
龙海市第一医院创办于1926年，是一所集医疗、急救、预防保健、康复、教学科研为一体的二级甲等综合医院，是福建中医药大学等3所医学院校的教学医院，全国县级医院综合改革试点单位，连续多年荣获“省院务公开示范单位”、“漳州市级文明单位”、“（漳州市）医学会先进集体”等荣誉称号。1医院新院坐落于市区紫崴路，占地114亩，总建筑面积8.6万平方米，开放床位600张。交通便捷、环境优美、设备先进、功能齐全，综合服务能力在省内同级医院中处于领先地位。
