夜间线路 (广州火车站总站 首班车22:00 末班车01:40 员村生活区总站(市六医院) 首班车22:00 末班车01:00) [空调车三元] 第二巴士
去程：广州火车站总站 - 克山 - 富力环市西苑(西村) - 和平新村 - 东风西路 - 市少年宫 - 广医 - 市总工会 - 中山纪念堂 - 东风中路 - 正骨医院 - 东风大酒店 - 执信路 - 羊城晚报社 - 东峻广场 - 锦城花园 - 天河 - 人民日报华南分社 - 冼村 - 石牌村 - 国防大厦 - 华侨医院(潭村) - 员村山顶 - 员村二横路 - 员村生活区总站(市六医院) (25站)
回程：员村生活区总站(市六医院) - 程介村 - 员村山顶 - 华侨医院(潭村) - 国防大厦 - 石牌村 - 冼村 - 人民日报华南分社 - 天河 - 锦城花园 - 东峻广场 - 羊城晚报社 - 执信路 - 肿瘤医院 - 越秀桥 - 正骨医院 - 东风中路 - 中山纪念堂 - 广医 - 东风西路 - 和平新村 - 富力环市西苑(西村) - 克山 - 市客运站(广州火车站) - 广州火车站总站 (25站)
广州水上巴士航线共有14条航线，是广州市继公共汽车、出租车、地铁后的第4套公交系统。根据航线不同、码头不同，每条航线的时间有所不同，其中s12线和s14线为定制发班，与其它航线不同。
S1线路航线时间：金沙洲码头：07:00-18:00
黄沙码头：07:30-18:30
S2线路航线时间：工作日07:00 08:00 17:00 18:00
S4线路航线时间：西堤码头06:45-20:22
鳌洲码头06:52-20:30
S5线路航线时间：第一段07:15-19:45
第二段05:45-22:00
S6线路航线时间：06:00-22:00
S7线路航线时间：天字码头06:45-19:00
纺织码头06:38-18:52
S8线路航线时间：省总码头07:00-18:30
堑口码头07:08-18:38
S9线路航线时间：白蚬壳码头07:00-18:30
白鹤洞码头07:10-18:40
S10线路航线时间：鱼珠码头05:45-23:50
长洲码头05:45-24:00
S12线路航线时间：定制发班
S13航线时间：07:05-18:25
S14线路航线时间：定制发班
