都要经过厦门北站，但只要部分列车同时在厦门北站停车办客。
同时在厦门北站停车办客的车次信息如下：
车次 出发站 开车时间 到达站 到达时间 用时 里程 硬座 软座
D6201 福州南 7:24 厦门北 8:40 1小时16分 226 70 -
D6235 福州南 11:27 厦门北 12:37 1小时10分 226 70 84
D6217 福州南 12:32 厦门北 13:43 1小时11分 226 70 -
D3203 福州南 17:02 厦门北 18:17 1小时15分 226 70 84
D6233 福州南 18:17 厦门北 19:28 1小时11分 226 70 84
福州南站至厦门站动车沿福厦铁路运行，中途经过的动车组停靠办理客运的站点包括：福清站、涵江站（车次较少）、莆田站（绝大多数福厦、向莆动车都停靠）、仙游站（新近开通的预留站，目前车次极少）、惠安站（新近开通的预留站，目前车次极少）、泉州站（福厦动车几乎都停靠）、晋江站、厦门北站（虽然是大站，不过进厦门站的动车大多越行通过）。此外尚有渔溪和翔安两个尚未建设的预留站，以及动车组越行不办客的厦门高崎站。
