2016年1月10日调图后，普宁站发往深圳北站列车41趟，惠州南站29趟，广州南站7趟，广州东站3趟，厦门北站或厦门站21趟，潮汕站34趟，福州南站或福州站12趟，杭州东站4趟，上海虹桥3趟，南昌西1趟，南京站、无锡站、苏州站1趟，合肥南站、黄山北站、武夷山东站1趟。
此外，春运、节假日等高峰时段还将加开广州南、深圳北、潮汕、厦门北等方向的列车。
列车时刻表（2016年1月日常开行） 序号车次等级始发站终到站始发时间终到时间到时发时1D7401动车潮汕深圳北7:209:447:517:532D7411动车潮汕深圳北7:5010:278:218:233D2282动车深圳北南京7:0021:168:488:504D7507动车潮汕广州东8:4011:489:059:075D2342动车深圳北厦门北7:5111:279:339:356D2315动车泉州深圳北7:1911:319:439:457D2294动车深圳北温州南7:5615:339:449:468D681动车泉州深圳北7:2211:479:519:539D2344动车深圳北泉州8:1612:4810:0410:0610G1602高速深圳北合肥南8:5218:4110:4010:4211G6319高速潮汕广州南10:1513:0810:4610:4812D2313动车泉州深圳北8:1012:3810:5410:5613D2327动车福州南深圳北7:2212:5911:0511:0714D682动车深圳北厦门9:1613:1511:0611:0815G6308高速广州南潮汕9:0011:4911:1511:1716D2311动车福州南深圳北7:5913:2111:2511:2717G6303高速潮汕广州南11:0613:5911:3711:3918D2286动车深圳北上海虹桥9:5522:3811:4311:4519D7504动车广州东潮汕9:1512:3412:0412:0620D7419动车潮汕深圳北11:5014:0712:1512:2221D2288动车深圳北上海虹桥10:4522:5312:3312:3522G6307高速潮汕广州南12:2015:1112:4512:4723G6328高速广州南潮汕10:1213:1712:4612:4824D7412动车深圳北饶平11:0513:5112:5913:0125D2323动车福州南深圳北9:3615:0113:0613:0826D3112动车深圳北杭州东11:1722:0113:1113:1327D2329动车厦门北深圳北11:3715:2913:3413:3628D2341动车厦门北深圳北11:4915:3913:4013:4229D2303动车福州南深圳北10:2015:3413:4513:4730D673动车厦门深圳北11:5915:5013:5413:5631D7503动车潮汕广州东13:4517:0014:1014:1232D2349动车厦门北深圳北12:2816:2514:3114:3333D684动车深圳北厦门12:4916:4914:3214:3434D2351动车龙岩深圳北12:1816:1914:3814:4035D2322动车深圳北南昌西13:0021:4314:4814:5036D7514动车广州东潮汕12:2015:3715:0115:0337D2345动车厦门北深圳北13:2717:0815:1215:1438D7408动车深圳北潮汕13:1315:5415:1815:2039D7413动车饶平深圳北14:3517:2115:2015:2240D2343动车泉州深圳北13:1117:2615:2515:2741D2354动车深圳北龙岩13:4818:0415:3015:3242D683动车厦门深圳北13:4117:4115:4515:4743D2324动车深圳北福州南14:0519:4515:5916:0144D2331动车福州深圳北12:2618:0916:1216:1445G6324高速广州南潮汕13:2716:4916:1316:1546D7418动车深圳北潮汕14:3516:5516:2416:2647D3111动车杭州东深圳北7:3318:2116:2816:3148D2304动车深圳北福州南14:5520:1916:3716:3949D7409动车潮汕深圳北16:4019:0617:0517:0750D2296动车深圳北泰宁15:2022:1417:1417:1651D2328动车深圳北福州南15:3521:0317:2317:2552D7513动车潮汕广州东17:0020:2017:2517:2753D2287动车上海虹桥深圳北7:4719:2517:3117:3354D7404动车深圳北潮汕15:4518:0517:3417:3655D2330动车深圳北福州16:1521:5917:5818:0056D2319动车厦门北深圳北16:0220:0118:0518:0757D7528动车广州东潮汕15:2818:3918:0918:1158G6315高速潮汕广州南17:4520:5118:1618:1859D2307动车福州南深圳北14:5720:1618:2218:2460D2305动车厦门深圳北16:2020:2018:3218:3461D2298动车深圳北福州南16:3922:0218:3618:3862D7417动车潮汕深圳北18:1320:2818:3818:4063D2312动车深圳北福州南16:5322:0818:4318:4564D7405动车潮汕深圳北18:4121:0719:0619:0865D685动车厦门深圳北17:1221:1219:1519:1766D2309动车福州南深圳北15:4821:1719:2719:2967D7414动车深圳北潮汕17:4420:1419:3819:4068G6311高速潮汕广州南19:1222:1819:4319:4569G6332高速广州南潮汕17:1020:2119:5019:5270D3107动车上海虹桥深圳北9:4021:4919:5219:5471D686动车深圳北莆田18:0523:0919:5920:0172D2281动车南京深圳北7:4522:1120:0120:0373D2332动车深圳北厦门18:3522:2620:1820:2074D2320动车深圳北泉州18:5523:2820:4320:4575D2353动车龙岩深圳北18:2422:4520:4920:5176D2283动车上海虹桥深圳北11:2122:5321:0421:0677G6331高速潮汕广州南20:4523:3221:1021:1278D671动车福州南深圳北18:1623:3821:5421:56备注：1.该时刻表制表时间2016年1月；
2.列车信息以车站窗口或铁路部门公布的为准。
截止2016年9月，惠州南站没有到揭阳市揭东区玉滘镇的动车，乘客可先乘坐高铁在普宁站下车，再换乘客车前往目的地，乘车方法如下：
惠州南站──普宁站
普宁站──普宁流沙客运站
公交线路：普宁9路，全程约6.2公里
①从普宁站步行约100米,到达普宁高铁站
②乘坐普宁9路,经过6站, 到达普宁汽车总站
③步行约50米,到达普宁流沙汽车站
普宁流沙客运站──揭阳市汽车总站
揭阳市汽车总站──揭东区玉滘镇人民政府
公交线路：3路，全程约22.0公里
①从揭阳市汽车总站步行约110米,到达汽车总站
②乘坐3路,经过26站, 到达新寨站
③步行约190米,到达揭东区玉滘镇人民政府
