亳州南站位于亳州市南部新区，总规模约86000平方米，其中站房面积为15000平方米，站台规模为5台10线，设计客流高峰期可同时容纳1500人。一年来，该站累计发送旅客110多万人次，到达旅客也接近110万人次商杭高铁亳州站建在亳州市经济技术开发区酒城大道，也是商合杭高铁入皖第一站。预计2020年投入使用。
商杭高速铁路（商丘-杭州）又名商杭客运专线，是列入《国家中长期铁路网规划》的高等级铁路，起自徐兰客运专线商丘高铁站，经过阜阳、合肥、芜湖，至宁杭高铁湖州高铁站后杭州东站商杭高铁全长797公里，采用电气化以上标准，预估算投资960.8亿元，设计速度目标值350公里/小时。
商杭高铁北端在商丘接郑徐高铁和京九高铁，中端在合肥接京福高铁，沪汉蓉高铁，终端在杭州接宁杭高铁进而连接京沪高铁，商杭高铁地理及战略位置重要，沿线城市密集、人口众多，是有效联系中原、江淮与长三角最重要的交通干线，被誉为“华东第二通道”。2014年12月28日，商丘至合肥至杭州铁路客运专线正式开工建设。
亳州火车站有109个出站口，改扩建后的亳州火车站投入运营。总占地面积34799平方米，站房属于仿汉建筑，总建筑面积9574平方米，是原站房面积的6倍，从北至南，依次为中铁快运营业室，出站口，候车室，售票处，办公区。其中、候车室包括上、下两层，总面积是4327平方米，可以容纳3000人，最高聚集4500人，比改造前高出近6倍。改造后的站场也和以前大不一样。站内新建了2座无站台柱雨棚，增加了1条货车到发线、1座进站天桥，还新建了8米宽出站地道和两个高站台，可以有效杜绝进出站旅客的对流和拥挤，更加方便了旅客。
