亳州火车站有109个出站口，改扩建后的亳州火车站投入运营。总占地面积34799平方米，站房属于仿汉建筑，总建筑面积9574平方米，是原站房面积的6倍，从北至南，依次为中铁快运营业室，出站口，候车室，售票处，办公区。其中、候车室包括上、下两层，总面积是4327平方米，可以容纳3000人，最高聚集4500人，比改造前高出近6倍。改造后的站场也和以前大不一样。站内新建了2座无站台柱雨棚，增加了1条货车到发线、1座进站天桥，还新建了8米宽出站地道和两个高站台，可以有效杜绝进出站旅客的对流和拥挤，更加方便了旅客。
亳州作为商杭高铁入皖的第一大站，高铁项目从审批到立项，再到亳州两站点的设立，真正意义上的高铁时代已经与亳州画上了紧密的连接符。记者从市发改委获悉，商杭客运专线的定测、设计工作正在进行，继国家铁路总公司同意设立亳州南站高铁站后，古城站、芦庙站又分别被同意设为亳州第二和第三个高铁站。届时，亳州市民乘高铁前往合肥、杭州等地将更加快捷。
亳州南站是亳州市境内重要的高铁站，政府高度重视南站建设，并投入了大量的，人力物力，财力，预计将于2019年建成通车。亳州南站是2014年7月，在商杭客运专线的环评工中确定建的高铁站，推翻了原本设定古城站和引进亳州站的方案，是新建设的火车站也被高阻降标。商杭高铁是国家12.5规划期间的项目，被誉为华东第二通道。商丘亳州阜阳段或者合肥是京九高铁的一部分，预计2015年底开工，工期4年半，2019年底通车。该项目有利于拉动亳州南部新区的发展。
