1959年5月29日，经衢化党委批准成立卫生处和职工医院（二块牌子，一套班子），医院下设办公室、内科、外科、总务科、工卫科等六个科室，职工总数为50人，党员13人，刘文秀为卫生处处长兼医院院长。院址设在衢化集体宿舍2号楼，形成了医院的雏形，时称衢州化工厂职工医院。
1964年4月，医院迁至现址。当时有床位80多张，职工152人。由于医院医护人员少，设备简陋，主要承担常见病多发病的防治工作。
1966年底，院职工增至200人，党员35人，胡海南为党支部书记。医院床位也增至180张，下设内科、外科、妇产科、药房等科室、以及厂区多个保健站，同年成立了卫生防疫科，隶属卫生处。整个卫生医疗系统已初具规模。在抢救大面积烧伤和急性中毒方面取得了显著成绩。该医疗项目被列为省重大科技成果展出。 “文革”开始后，党政组织受到了冲击，处于瘫痪状态。医院成为武斗据点一年多，建筑、设备遭受严重的破坏，医疗器械、药品大量损坏和丢失，尽管如此，大部分医护人员仍坚守岗位救死扶伤，坚持为职工服务。
1968年9月，衢化革委会批准成立医院革委会，任命胡海南为革委会主任，俎宪章为革委会第一副主任，程同祥、吴新亮为革委会副主任。1973年10月，省卫生厅批准医院为二级综合性医院。
（四）撤消院革委会，恢复卫生处（职工医院）
1978年，衢化党委批准，撤消医院革委会，恢复卫生处，下设职工医院（科级建制）、疗养所。马常荣任卫生处党委总支书记，刘秀文、俎宪章、杨其禹任副书记；刘秀文任卫生处处长，任中原、俎宪章任副处长。
1981年6月，衢化党委批准，卫生处与职工医院分开建制，处、院相对独立，各司其职。卫生处隶属厂部机关，主要负责防疫、环卫、计划生育等工作，刘文秀为卫生处处长，俎宪章为副处长，程立中为党支部书记。职工医院负责医疗工作，陈星曙为党总支书记，杨其禹为副书记；任中原、马元章、刘永仁为副院长，任中原主持工作。 1983年4月，衢化党委批准，处院合并，实行三块牌子（卫生处、职工医院、职防所），一套班子的体制。党总支书记由陈行代理，副书记陈瑞田；院长宋燧，副院长吴召南、俎宪章、周跃庆。1983年医院被评为省级先进医院。
1984年8月，衢化工厂改名为衢州化学工业公司，实行经理负责制。衢化职工医院改名衢化公司职工医院。1985年3月职工医院实行院长负责制。同时衢化公司经理王大森聘任吴召南为院长，俎宪章、周跃庆为副院长。1986年3月聘任宋燧为副院长。
1987年1月，衢化公司经理王大森聘任宋燧为院长，俎宪章、陈瑞田为副院长，同年7月聘任童渭金为副院长。 随着我国改革开放的不断深入，医院也逐步步入市场化轨道。
1990年11月，引进安装Decta-50FSCT一台并投入使用（浙西医院第一家）；当年在“优质医疗、优质服务”活动中被评为浙江省、衢州市最佳医院。
1992年1月，中共衢化公司职工医院第二次党员大会在医院召开，大会选举产生中共衢化公司职工医院第二届委员会，吴维云任书记。1992年 月浙江省石化厅批准同意衢化公司职防所成立“化工急救中心”和“劳动环境监测中心”；《特大面积氯磺酸烧伤伴重度吸入性损伤抢救技术》获浙江省科技进步优秀奖，衢州市科技进步二等奖。
1992年11月，衢州化学工业公司经国家经贸委批准，更名为巨化集团公司。1993年8月11日，巨化集团公司电化厂发生氯气泄漏，医院共收住中毒和吸入病人207人，张启楣副省长率卫生厅副厅长喻华芝、医政处长沈世弘亲临现场组织、指导抢救工作，浙一医院、省人民医院、金华市中心医院派出三个专家分队来巨化参加援救。经二十多天抢救，病人全部痊愈出院，抢救成功率为100%。
1994年3月中共巨化集团公司委员会任命戴念危为党委书记；9月行政领导班子调整，盛步南任副院长（主持工作）、职防所副所长、卫生处副处长。
1995年6月通过省卫生厅二级甲等医院验收；8月25日通过国家爱婴医院验收。
1996年巨化劳资[1996]333号文件批准撤消卫生处。巨化集团公司计划生育委员会办公室、公司爱国卫生运动委员会办公室划转到巨化生活委，卫生处其它职能由职工医院承担。
1997年8月20日巨化集团公司任命颜哲仁、杨顺江为职工医院副院长；12月28日经卫生厅批准为浙江省高等医学院校教学医院。
1999年4月12日巨化编制[1991]101号文件恢复巨化集团公司卫生处建制，与职工医院和职业病防治所实行三块牌子、一套班子合署办公，盛步南为卫生处处长。1999年3月20日，浙卫发[1999]140号文件授予巨化职工医院为省级文明医院称号；12月18日医院综合住院大楼开工。
2000年6月16日核磁共振（MRI）、数字减影血管造影机（DSA）、体外冲击波碎石机投入使用。 2001年2月20日浙卫发[2001]37号文件批准，医院更名为浙江衢化医院，4月12日经巨化集团公司同意正式启用；4月1日医院临床科室统一冠名,肿瘤内科和神经内科独立病区成立；6月16日医院住院大楼正式启用；9月30日建筑面积15780平方米的7层门诊综合楼开工。
2002年1月25日，中共巨化集团公司委员会任命颜哲仁为党委副书记（主持工作），7月12日在上海长海医院指导下，开展了第一例心脏直视手术；10月25日第一例肾移植获成功；10月11日医院新门诊大楼正式启用。
2003年10月巨化集团公司总经理聘任邵志华为副院长（主持工作）。
2004年4月医院荣获“浙江省价格计量信得过单位”；7月成立顾客服务中心；11月巨化集团公司任命邵志华为院长，中共巨化集团公司委员会任命谢珂为党委副书记（主持工作）；12月医院被评为“省级绿色医院”。
2005年8月医院更新引进1.5T核磁共振及16排螺旋CT；9月衢化医院形象识别系统投入使用；10月神经内科、眼科被评为衢州市重点学科。
2006年1月中共巨化集团公司委员会任命谢珂为党委书记，职业病科通过省级评审,成为衢州市首家具有职业健康检查和职业病诊断资质的医疗机构；3月，巨化集团公司授予医院“十五”重才爱才先进单位；2006年衢化医院成立肾内科，并与广州军区广州总医院肾移植治疗中心合作成立浙西协作中心。
2007年7月，医院率先在浙西地区推出了单病种收费服务，切实有效缓解了群众“看病难、看病贵”的问题。9月，引进数字减影血管造影系统（800MADSA），并正式投入使用。9月18日，省卫生厅批准烧伤外科学为浙江省第四批医学重点建设学科,是衢州市唯一的省重点学科；职业病学（化学中毒）为浙江省第四批医学扶植重点建设学科；化学烧伤实验室列入衢州市重点实验室建设计划，成为市卫生系统首家列入该计划的实验室。
2008年1月，医院启动数字化医院建设工作。3月，成为浙二医院的协作医院并建立了可视远程会诊中心；5月1日，医院聘请22位全国知名医院的著名专家为我院的特聘专家，并于5月1日成功在院内举办了特聘专家大型义诊活动；12月份，肿瘤内科、心血管内科被评为衢州市重点学科。
2009年初，医院顺利通过了浙江省“平安医院”创建活动检查组对我院创建 “平安医院”活动情况的检查。2009年5月，以院庆50周年为契机，开展了主题为“情系医院，情融百姓”的院庆系列活动，通过组织科普进社区讲座活动、大型下乡义诊活动、院内特聘专家义诊活动、召开浙西肾友会、护理人员走进养老院、成立医疗救助基金、组建流动血库——志愿者急救献血队、推出医疗服务便民惠民新举措等大型健康服务公益行动树立医院“以患为本”的社会形象；通过举办科级干部培训班、百家医院公益讲坛提升干部的管理能力和员工的服务沟通技巧；通过召开老干部座谈会、社会监督员会议找出管理差距，不断完善服务；通过举办“第三届长三角化学伤害救治研讨会”暨“急性化学损伤应急救援与临床救治”继续教育学习班、组织医护人员参加由浙江省安全生产监督管理局、衢州市政府与巨化集团公司联合举行的化学事故应急救援演习，进一步提升我院急性化学损伤应急救援与临床救治能力；通过举办趣味运动会、文艺晚会丰富员工的业余生活。并通过在衢州日报、衢州晚报、农家报、巨化报和医院内外网站等媒体及时报道院庆活动内容和展示医院十年成果，对内激发员工对医院的归属感和荣誉感，对外树立医院积极向上的健康形象。
2010年医院通过“解放思想、转型升级、创新发展”大讨论活动，不断转变思想观念和行为理念，以创建三级乙等医院为主线，通过深化“医疗安全百日行动”和推进“医疗质量万里行”活动，保障医疗安全，持续改进医疗服务质量。10月份，医院开展以“提高护理质量、提升护理服务水平”为目标的优质护理示范工程活动，提升了护理服务内涵，患者满意度明显增强。
接下来，医院将全面实施“3+1”学科建设攀登工程，以3年为1个建设周期，使肿瘤中心、心脏（血管）中心、微创中心的总体水平达到国内先进水平，灾害医学救治中心学科群达到省内先进水平。
在“我用心，您放心”服务理念的倡导下，衢化医院全体员工正以开拓进取，团结协作的精神，全面创新发展模式和品牌战略，不断提升医院的核心竞争力，努力打造让患者看病放心、治疗放心、用药放心的“放心医院”。
公交线路：102路，全程约7.3公里
1、从衢州站步行约240米,到达新火车站
2、乘坐102路,经过10站, 到达巨化滨五区(衢化医院)站
3、步行约470米,到达浙江衢化医院-急诊
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