首先，命先锋都统硕岱率清军兼程前往荆州，进驻常德以遏叛军。康熙又在山东兖州、山西太原建立军事基地，集结兵力、秣马以待。下令停撤耿、尚二藩以孤立吴三桂。康熙十三年（1647）二月二十七日，颁布诏书，声讨吴三桂背恩反叛罪行，宣布削其亲王爵位，表示武力平叛的决心。四月十三日。将吴三桂之子吴应熊、孙吴世霖处绞，以打击吴三桂。
康熙十三年（1674）三月，命安南将军额附华善守京口（今江苏丹徒），定南将军希尔根赴江西，杨威将军阿密达镇江宁（今南京），平南将军都统赖塔去杭州，平寇将军根特巴鲁援广东，镇东将军喇哈达驻江南以保护东南财赋重地。细致而周密的举措，避免了吴、耿会师江西危局的出现。
康熙十三年（1674）十二月，康熙采纳华善的建议，提高绿营兵的地位，授甘肃提督张勇为“靖逆将军”，委以收复王辅臣，总督不得节制，经过几个月的努力，最后王辅臣投降，西北局势趋于稳定，为平定三藩之乱提供了保证。
康熙十五年（1676）二月，康熙派人传谕耿精忠，如能革心投诚则视之如初。时郑经乘机返回大陆，占据耿精忠后方，康熙采取远交近攻策略，默许郑经行为。到这年六月，耿、郑矛盾尖锐起来。在强大的政治和军事的攻势下，十月初四，耿精忠率文武官员出城相迎。康熙命耿精忠仍留靖南王爵，率部随大军征剿郑经，将郑经赶出泉州。福建、浙江相继平定。
到康熙十六年五月，陕西、福建、广东相继平定，康熙开始了对吴三桂的围攻。
康熙十九年（1680）年，康熙下令清军分三路进军吴三桂的老巢云南，向叛军发起总攻。不久清军攻入云南，将叛军的老巢昆明包围得水泄不通，守军大都投降。
康熙二十年（1681），历时八年、祸及大半个中国的三藩之乱终于被平定了。
三藩：清朝初年，将降将有功者分封管理在一些南方省份：吴三桂封平西王，镇守云南，兼辖贵州；尚可喜封平南王，镇守广东；耿仲明封靖南王，死后，其子耿继茂袭封，镇守福建（后传位其子耿精忠）。上述三方势力合称三藩。三藩在所镇守的省份权力甚大，远超过当地地方官员，并可掌控当地军队、税赋等。 袭封，镇守福建（后传位其子耿精忠）。上述三方势力合称三藩。三藩在所镇守的省份权力甚大，远超过当地地方官员，并可掌控当地军队、税赋等。 平定三藩：自康熙十二年十一月二十一吴三桂起兵反清。至康熙二十年十月二十九吴世璠自杀，清军进入昆明，三藩之乱历时八年。其演变过程，大致可分为三个阶段。第一阶段自康熙十二年十一月至十五年四月。战乱不断扩大，吴三桂兵出三贵，进据湖南澧州、常德、岳州、长沙；清军云集荆州、武昌、宜昌，但不敢渡江撄其锋。孙延龄叛于广西，罗森、郑蛟麟、吴之茂叛于四川，耿精忠叛于福建，台湾郑经渡海进兵福建漳州、泉州和广东潮州，提督王辅臣又叛于宁羌，击杀清陕西经略莫洛。四方震动，人心动摇。康熙帝欲亲征，经议政内大臣密议谏止。清军东征西讨，顾此失彼。随后尚之信又叛于广东，总督、巡抚俱附之，清廷增兵两江。第二阶段自康熙十五年五月至十七年七月。以王辅臣败降平凉为转机，形势向有利于清军发展。随后，因郑经部争据福建漳、泉、兴、汀等地，耿精忠腹背受敌，仓促撤兵请降。尚之信也相继投降。孙延龄又被吴世璠杀于桂林。于是，清军集中兵力进逼长沙、岳州，吴三桂聚众固守。两军在江西吉、袁二州、广东韶关、永兴和广西梧、浔二州及桂林等湖南外围要地反复争夺。清军将帅每多观望，旷日糜饷，在军事上仍处于相持阶段。第三阶段自康熙十七年八月至二十年十月。康熙十七年，年已七十四岁的吴三桂在衡州称帝，国号大周，但未能改变叛军的困境。同年秋，吴三桂病死，形势陡变。叛军无首，众心瓦解。其孙吴世璠继承帝位。清军趁机发动进攻，从此叛军一蹶不振，湖南、广西、贵州、四川等地逐步为清军恢复。但马宝、胡国柱等叛军仍困兽犹斗，节节顽抗；满洲将帅仍多迁延，以致时逾两年，清军才进逼云南，康熙二十年底，围攻省城昆明。吴世璠势穷自杀，余众出降，三藩之乱终告平定。
三位藩王是分别是吴三桂，耿精忠和尚可喜。这三人最后都死了，不过尚可喜并不是康熙赐死而是自己病逝的，这还和其他两位藩王不一样。平定三藩之乱是康熙一生中的不可磨灭的闪光点之一，并且年纪轻轻的康熙还采用了抚剿并用的战术，集中对付平西王，对耿精忠和尚可喜采用招抚的策略，这可以算得上是很有智谋了。在康熙十七年的时候吴三桂就称帝了。按照常理来说既然吴三桂此时已经称帝，那么他应该是权力已经到达了顶峰了，但是此时的吴三桂其实已经是被消灭之前的狂欢了。还值得一提的是，在被康熙剿灭之前吴三桂自己就抑郁而终了，并且很搞笑的是他还把自己的帝位传给了孙子。耿精忠的下场其实比吴三桂还惨，因为他投降大清也是无奈之举，他心里想的还是谋反。于是就被他的下属给告发了，因为耿精忠太过于反复无常，所以康熙就执意把他给绞杀了。这三位藩王中，耿精忠的下场是最惨的。尚可喜其实是这三位藩王中最有自知之明的，在康熙决定动三藩之前他就已经决定要告老还乡了。但是没想到的是他的儿子却异常迷恋权力，结果尚之信就被康熙赐死了。后来尚可喜也在广州病逝了。尚可喜才是这三人结局最好的。来源:大东方
马佳·图海和周培公。
康熙十五年(1676年)，康熙帝任命图海为大将军，统辖陕甘征讨大军。王辅臣拥兵自重，以骁勇善战闻名，清将都有点怕他，不敢轻易进兵，他也没把清兵放在眼里，对10万清军围困毫无惧色，目空一切。
图海一到平凉，诸将勇气顿增，纷纷请命攻城。周培公向图海上取平凉策，被召为幕僚，他认真分析了当时的形势提出，陕西关中地区是天下脊梁，吴三桂这次造反不及时从云南取道四川进取陕西，而盘踞在湘鄂之间与荆襄官兵对峙，实在太不会算计。现在，王辅臣起来造反，举足轻重，但他的反叛，是情势所逼和舍不得高官厚禄，这好比白内障患者渴望重见光明，又恰似半身不遂者企求站立行走。如果朝廷派个能说会道的人前去劝诫，王辅臣必然会悬崖勒马，投降朝廷。这样也就用不着兴师动众与他们硬碰硬了。图海闻周培公之言，正中下怀，可是眼前并无合适的人可派。
王辅臣手下参将黄九畴、布政使龚荣遇(周培公奶娘龚嬷嬷的儿子)与周培公均是同乡，曾屡劝王辅臣归降，王举棋不定。他们设法将内部情况写成文字，用蜡丸封闭，密送周培公。周培公利用这一有利条件，自告奋勇，主动请缨，愿冒死进城劝降，说:"如果前去说服了王辅臣，那是大学士的福份;如果遭到不测，自己则死而无怨。"
图海闻听此事后十分高兴，星夜赶写奏本送至京城。康熙皇帝当即传谕周昌进京，并亲自在乾清宫召见。听完周培公的设想后，康熙帝嘉封周培公为参议道台、衔一品，赐穿黄马褂，携带谕降诏书，前往平凉招抚。
图海命周培公携带康熙帝赦诏，再次进城抚慰。王辅臣派龚荣遇率士民代表出城，向图海献平凉名册，其子王吉贞及总兵等上缴吴三桂投递的函札及"平远大将军印"、"陕西东路总管将军印"各一颗，接受清廷招抚。
平定王辅臣陕甘叛乱，不仅解除了朝廷的重大威胁，而且剪除了吴三桂在西北的羽翼。
康熙十六年(1677年)三月、四月，图海招抚了韩城叛军，击败了五盘山、乔家山、塘坊庙、芭蕉园等地的叛军，收复了塔什堡。
康熙十七年(1678年)三月，吴三桂在不断受挫之后，于衡阳称帝，并于当年秋天死去，他最后的一次垂死挣扎也未能扭转局面。清兵却抓住时机在湖南展开大规模反攻，从此叛军一蹶不振。
最功臣是周培安。
康熙十三年（1674）吴三桂等三藩发起兵变，吴三桂策划陕西提督王辅臣在南方发起兵变照应，事先的西部疆场——陕甘地域，由于邻近都城，为主要疆场。王辅臣的叛军也对朝廷组成宏大要挟，因而康熙帝集合次要军力来凑合东南疆场。力争疾速覆灭王辅臣的兵变。
康熙十五年，命图海为征讨上将军，统帅10万雄师，防御平凉城，这时候随军出征的周培公看清情势，献攻取平凉的战略，图海征用他为幕僚。周培公的倡议是，吴三桂此次起兵造反不间接从云南取道四川防御陕西，再防御都城，而占据在湖南、湖北等地于官军周旋，是他的失算。现在的状况是王辅臣之所以起兵，是情势所迫和舍不得高官厚禄，假如朝廷能派一个舌粲莲花的人去压服他，他必定会回头是岸，投奔朝廷。
而事先王辅臣对是战是和也是犹豫不定，这次如果部下上将龚荣遇，黄九畴曾力劝王辅臣投诚，并且龚荣遇，黄九畴与周培公是同亲，曾用密信把王辅臣的状况通知给周培公。周培公采用这一前提，向图海自动请缨，预备去劝降。图海传闻后，十分快乐，连夜把此事上报康熙，请旨决计。
康熙传闻后立召周培公进京，听完周培公的战略后，立刻封他为参议道台，一品衔，赏穿黄马褂，捎带招降圣旨，前往平凉弹压。当周培公把康熙的赦诏带入平凉城，王辅臣立刻带领平凉官民投诚，并向图海献上平凉名册。
安定了王辅臣的兵变，不只解除去朝廷的严主要挟，并且铲除去吴三桂的东南羽翼，使和平情势失掉逆转，周培公的确功不可没，康熙封周培公为山东登莱道。厥后周培公在山东任职三年时期与处所仕宦政见分歧，因而去官回家，在以后康熙二十九年，蒙古噶尔丹兵变，康熙启用周培公，封他为盛京提督，守边关直到逝世。
至于说安定三藩的最大罪人，该当属于康熙，是他力排众议颁布发表撤藩，兴师动众安定兵变，这其中的康亲王杰书，大臣索额图、图海、周培公等都发扬了严重影响，只能说是君臣协力才安定了兵变。
发生在1673年—1681年的三藩之乱是皇帝在位期间，最终清军大胜，三藩之乱终告平定。对于清廷来说，平定三藩之乱是确立稳定的皇朝统治的标志。
三藩之乱是指哪三藩
三藩是指平西王、平南王尚可喜、靖南王耿精忠。
平定是哪位皇帝
平定三藩之乱的是康熙皇帝。 在耿精忠、尚之信归顺清廷之后， 吴三桂 于1678年（康熙十七年）在衡州称帝，立国号周，建元昭武，大封诸将。其实这时的 吴三桂 已到了穷途末路。他积郁而死后，将所谓的“帝位”传给孙子吴世。1681年（康熙二十年）冬，清军进入云贵省城，吴世自杀，历时8年的三藩之乱被平定。
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