两个机构各负其责，相对而言还是军统在世界上影响大。
中统是党中央的情报机构，军统是军事委员会的情报机构。
扩展资料：
在四十年代以前，中统的势力非常大，国民党的各级基层党组织，都是中统的特务网延伸。许多基层党部的负责人，本身就是中统的基层负责人。
抗战以后，由于国民党的情报工作对象有所改变，从以对付中国***向对付日本侵略转变，因此中统的地位开始下降，而军统的地位不为提升。
而中统主要为国民党CC系的大老陈立夫、陈果夫叔侄所掌握，在人事上蒋不能直接控制，也逐渐失去了蒋的扶持。到了国民党退台后，中统实际上已经丧失了全部组织系统。而军统的组织系统到是得以保存和发展。
由于中统与军统在争夺秘密工作的主导权上，进行了长期的明争暗斗，双方的合作非常有限。国民党逃台后，蒋介石对两个特务组织进行了改组，成立了国家安全局和军事情报局。这实际上就是中统与军统的延伸。对双方的工作范围也进行了区分，明确了国安局以对内安全为主，重点是侦查岛内的中共组织。
军统以对大陆为主，重点是对大陆侦察、派遣、破坏和武装袭扰。但到蒋经国后期，特别是“江南事件”以后，蒋经国开始改组台湾情报特务组织的系统与任务范围。国安局逐渐取代军事情报局，成为岛内最大的情报机关，并开始掌握对大陆的特务与情报活动的主导权。而军情局反而变成了单纯的军事情报机构了，主要负责对大陆军事系统的情报工作。
首先是主管上级单位不同。军统直接隶属于军（jūn）事（shì）委（wěi ）员（yuán）会（huì），是军队编制，工作人员为现役军人。而中统由国(guó)民（mín）党（dǎng）中央党部管理，是党务机构，没有军衔。其次是职责和分工不同。中统仅限于党务调查、舆论控制和党政机关的思想监控，军统是用来监视、控制军队的部门，兼有谍战、反特和敌后武装等工作范畴。
最后是控制的势力范围不同。中统在各省各大城市的政府、党部和警察局中，具有最大化的控制力，而军统在野战部队、司令部和军事机构中有绝对优势。
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