限制性核酸内切酶（restriction endonuclease）:识别并切割特异的双链DNA序列的一种内切核酸酶
它能将外来的DNA切断,即能够限制异源DNA的侵入并使之失去活力,但对自己的DNA却无损害作用,这样可以保护细胞原有的遗传信息,1,限制酶在原核生物中才存在。真核生物中没有。
原核生物无细胞核，DNA没核膜的保护。外来基因很容易干扰自身的DNA。
限制酶可将外来的DNA切断，即能够限制异源DNA的侵入并使之失去活力，但对自己的DNA却无损害作用，这样可以保护细胞原有的遗传信息。,1,起保护性作用, 用于切割破坏外源性的DNA, 尤其是病毒DNA 在细菌里面, 细菌自己的DNA被自身的酶甲基化了, 不会被限制性内切酶所识别,而外源性DNA没有经过甲基化的处理, 会被切除,0,30多年前，当人们在对噬菌体的宿主特异性的限制-修饰现象进行研究时，首次发现了限制性内切酶。细菌可以抵御新病毒的入侵，而这种"限制"病毒生存的办法则可归功于细胞内部可摧毁外源DNA的限制性内切酶。首批被发现的限制性内切酶包括来源于大肠杆菌的EcoR I和EcoR II，以及来源于Haemophilus influenzae的Hind II和Hind III。这些酶可在特定位点切开DNA，产生可体外,0,原核生物遗传物质少且简单，容易被外来遗传物质侵入。其体内的限制性内切酶能将外来的DNA切断，即能够限制异源DNA的侵入并使之失去活力，但对自己的DNA却无损害作用，这样可以保护细胞原有的遗传信息。,0,限制性内切酶在原核生物中的作用是什么
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区别：含义不同，作用不同。
一、含义不同：
核酸内切酶：在核酸水解酶中，为可水解分子链内部磷酸二酯键生成寡核苷酸的酶，与核酸外切酶相对应。
核酸外切酶： 核酸外切酶是一类能从多核苷酸链的一端开始按序催化水解3、5-磷酸二酯键，降解核苷酸的酶。
二、作用不同：
核酸外切酶的作用：从核酸链的一端逐个水解下核苷酸。限制性核酸内切酶的作用：识别特定的核苷酸序列，并在DNA分子内部的一定位点切割DNA 。
核酸内切酶：大都不具碱基特异性，但也有诸如脾脏RNase、RNaseT1等或限制性内切酶那种能够识别并切断特定的碱基或碱基序列的酶。
分类
限制性核酸内切酶(以下简称限制性酶)是一类识别双链DNA中特定核苷酸序列的DNA水解酶，以内切方式水解DNA，产生5’-P和3’-OH末端。1952年Luria等及1953年Bertani等研究噬菌体时发现了宿主控制性现象。Arber及其同事用放射性同位素标记证明，噬菌体在新品系中的损害伴随有其DNA的降解，但宿主自己的DNA并不降解，据此他们提出了限制 - 修饰酶假说。
百度百科-核酸内切酶
限制性核酸内切酶切割的原理：限制性核酸内切酶作用于双链DNA的磷酸二酯键，这种酶能识别特定的碱基序列，并且有特定的切割位点。
不同的限制性内切酶作用方式都不一样。不过大体来说，限制性内切酶都能够特异性识别并结合核酸的特殊反向回文序列（Inverted repeat palindromes ），然后催化断裂核苷酸链。
限制性核酸内切酶是可以识别特定的核苷酸序列，并在每条链中特定部位的两个核苷酸之间的磷酸二酯键进行切割的一类酶，简称限制酶。根据限制酶的结构，辅因子的需求切位与作用方式，可将限制酶分为三种类型，分别是第一型（Type I）、第二型（Type II）及第三型（Type III）。Ⅰ型限制性内切酶既能催化宿主DNA的甲基化，又催化非甲基化的DNA的水解；而Ⅱ型限制性内切酶只催化非甲基化的DNA的水解。III型限制性内切酶同时具有修饰及认知切割的作用。
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