对细胞核染色主要是对染色体染色,染料有以下常用试剂：
龙胆紫:染成紫色
,
醋酸洋红:染成红色
甲基绿:
绿色
。
对细胞膜染色如下：
DiO(细胞膜绿色荧光探针)，呈现绿色荧光，
荧光素双醋酸酯（FDA），绿色荧光
HE染色中细胞核的深浅由细胞代谢状况决定。
苏木精 — 伊红染色法 ( hematoxylin-eosin staining ) ，简称HE染色法 ，石蜡切片技术里常用的染色法之一 。苏木精染液为碱性 ，主要使细胞核内的染色质与胞质内的核酸着紫蓝色 ；伊红为酸性染料 ，主要使细胞质和细胞外基质中的成分着红色 。HE染色法是组织学、胚胎学、病理学教学与科研中最基本、使用最广泛的技术方法。
由于组织或细胞的不同成分对苏木精的亲和力不同及染色性质不一样。经苏木精染色后，细胞核及钙盐粘液等呈蓝色，可用盐酸酒精分化和弱碱性溶液显蓝，如处理适宜，可使细胞核着清楚的深蓝色，胞浆等其它成分脱色。再利用胞浆染料伊红染胞浆，使胞浆的各种不同成分又呈现出深浅不同的粉红色。故各种组织或细胞成分与病变的一般形态结构特点均可显示出来。
个人认为是由于核的肿胀产生的现象。衰老细胞的细胞核体积会增大，组蛋白减少。也就是说衰老的细胞细胞核变大，同时细胞核中DNA相对含量增加。而给细胞核染色的碱性染料主要是给DNA染色，不会给蛋白质染色。因此，在染色实验中，衰老细胞的细胞核就看起来染色更深。
细胞免疫荧光的详细操作步骤1，取出细胞爬片放到35mm或60mm用过的细胞培养皿里，PBS洗三遍。注意有的时候作的细胞爬片可能比较小，因此夹取的时候要小心。2，4%多聚甲醛固定20分钟，PBS洗三遍。3，02%TritonX100通透10分钟，PBS洗三遍。4，与二抗相同宿主的血清封闭30分钟，PBS洗三遍。5，一抗4度湿盒内过夜，也可37度2小时，感觉前者效果好，PBS洗三遍。6，二抗室温2小时，或者37度1半小时，PBS洗三遍。7，最好用DAPI染核，然后直接照荧光片。8，蒸馏水洗掉PBS，甘油封片，指甲油封片子的四周。
碱性染料不是指染色液中的H+和[OH]-的平衡状态，即非pH值为碱性；而是指显色基团含有阳离子或本身为阳离子，能与组织或细胞中呈酸性的物质或结构（如核酸形成的染色体）发生化学结合或吸附作用，使其染上一定颜色的染料；常用于植物细胞核染色的碱性染料有：龙胆紫、洋红等，一般都溶解于醋酸中使用。实质上龙胆紫溶液呈弱酸性。
细胞核中容易被碱性染料染成深色的物质是染色质。
细胞核中能用碱性染料（一般是龙胆紫或醋酸杨红）染色的物质是染色体。染色质和染色体其实是同一种物质，只是在不同的时期，叫法不同而已。细胞分裂时叫做染色体，不进行分裂时叫做染色质。
细胞核的结构：主要包括核被膜、核基质、染色质和核仁四部分。
核膜——是选择透过性膜，但不是半透膜
染色质——DNA+蛋白质
染色质和染色体是细胞中同一种物质和不同时期的两种形态功能。
核孔——核质之间进行物质交换的孔道。
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