1， 为什么要回到三年前，因为长门的能力只能改变到三年前 也就是说三年前七夕的事情并没有被改变 只有在那里才有机会让世界回到正轨
2， 阿虚说 请多多关照包世界搞得更热闹的约翰史密斯
而 sos团的全称就是 让世界更热闹的凉宫春日团 。恩，没错，正是阿虚说的这句话 才会有后来的sos团，这句对凉宫春日的影响就不言而喻了。 当然这也让团长大人更好的记住了 约翰史密斯 。 要知道“约翰史密斯”是唯一能让团长大人相信阿虚所说的话的证据。正是因为这样，阿虚才敢去要挟长门的上头
3， 在我看来躺在病床上的阿虚和被捅一刀的阿虚是同一个人，也就是说阿虚没死或者死而复生了，对长门来这是件很简单的事情。 这么来解释吧，我们知道未来的阿虚还会再去那个时间 （12月18号 世界被改变的那一天） 而未来的那个阿虚在解决完要做的事后必然还是要回到他原来的时间（未来）而不是去医院里面躺着，人是不可能分身的，如果那个阿虚真的死了的话，那出现在医院的阿虚 就是相当于是凭空产生的了。 所以说躺在医院的阿虚就是被刀捅的阿虚。。。（天啊，我自己都不知道我说了神马）
以上均是我自己理解，如果有说的不对的地方请多包含
这个应该是跟前面的呼应吧。还有就是囧虚没有选择萌神线，所以在图书馆就成为萌神表达自己对囧虚感情的方式。
先从头来说吧。不知道lz看过小说吗？可能动画的线索突出的不是很明显。。。在第一部《忧郁》有几次引出《消失》的线索。。。第一次被团长拉到文艺部活动室时囧虚第一眼看到萌神有一个脑补，这是一个线索； sos团第一次市内探索活动中，囧虚领着萌神去图书馆并帮她办了图书卡，这是另一个线索； 在亲团长之前跟萌神的简短通信，也是一个线索。
而《消失》中萌神坏掉了，各种引诱囧虚推自己。（罪过罪过。）但是虚最后还是选择了春日线。长门变回最初的状态时，自己对虚的感情也无法放下，于是会把自己单独跟虚在一起的时间（就是两人在图书馆里一下午）作为自己感情的表露。
简单点说。。。萌神想要跟囧虚一起在图书馆，但囧虚不理他，所以她就一个人在图书馆了。（怎么这么凄凉）
最后给出小说（轻国版）里的情节：（萌神能说到这种程度已经很给力了吧。。）
YUKI>我希望你们能再回到这个世界．凉宫春日是个重要的观察对象，是个很可能再也不会出现在宇宙里的贵重宝物。此外，我本身也希望你能回到这个世界．
文字颜色越来越淡，电力越来越弱。游标缓缓地打出文宇。
YUKI>下次再一起去图书馆。
拿书遮脸的话，肯定是看到人，害羞了，而这个人最可能是阿虚。最后这个镜头的安排是为了说明长门向统合思念体传达的阿虚的请求得以实现，长门获得了一个正常女孩所应有的情感。在这之前，作为外星人的长门同学从来不会做拿书遮脸这种动作，即使是和阿虚在sos团活动室独处，一起回家，甚至是请阿虚到自己独居的家中做客，她几乎都没有任何面部表情。作为外星人的长门本没有任何情感，但在sos团中生活了一段时间后，便有了“感情”，每日看着春日和大家一起欢声笑语，自己却无法参与其中，还得做一大堆工作解决春日的问题，一边还得保护阿虚，真是有苦无处说，长门也想过一个普通人的生活，做一个普通的女孩，长门按照自己的意愿改造了世界，那个世界中的长门才是她想过的生活。。。等危机过去，仔细思考后的阿虚想到了这一点，如果不做些改变，长门身上积累的情感问题有一天又会变成错误，又会做出身不由己的事情，阿虚希望信息统合思念体做些调整，让长门拥有情感，或者干脆不要当外星人了。片尾动画也许是要告诉我们，长门成功传达了阿虚的愿望，统合思念体做出了调整。那之后再普通不过的一天，改变后的长门在市立图书馆看书，看到一小男孩帮一小女孩办借书卡，想到之前阿虚帮自己办卡的事，之后阿虚又出现了，突然觉得不好意思，便下意识的拿书遮脸。。。
我的想法不一样哎。我只看过2009和消失 小说没看过。
1、平行世界的出现。
在整个2009里，没有体现出平行世界。
但在**里出现的结局只能用平行世界解释。而且本身小说里后面也开始的平行世界的故事。
（平行世界就是指七龙珠里一个孙悟空中年病死和沙鲁自爆炸死2个世界）
平行世界1，阿虚去超市买彩带，睡觉，长门暴走，世界改变，阿虚按了键盘确认键，之后没有在描述。（阿虚凭空消失？，回到3年前，其他人还不疯掉~！）
平行世界2，阿虚去超市买彩带，睡觉，长门暴走，世界改变，同时出现3个阿虚，（睡觉的，被捅伤的，捡起注射枪的，还有封闭空间中的第4个。还有1个大朝比奈，3个小的朝比奈），之后没有在描述。
平行世界3，阿虚下午摔倒，没有买彩带，住院数日后拥有了其他平行世界的记忆。（紧急模式的处理结果）
我认为。阿虚被推是紧急模式让阿虚回归的行动，是另一时空阿虚和朝比奈配合做的。
世界没有那么多极简单。
2、别人都说春日是中心，但别人说的是真话么。
外星人、未来人、超能人3者里，我更相信以旁观者身份的外星人的话。
未来人、超能人的出现和行为都是其集团为了保证既得利益或趁机改变世界获取其他利益的私利行为。且都是出现的朝比奈、古泉都是下层人员他们知道的所谓真相必定掺有谎言。
3、其他势力。
处理之前3个势力外，必然会有其他势力的介入，就算没有，3股势力中也各自有自己的派别。比如朝仓凉子和长门。
4、我认为，阿虚是故事的中心，主人公，世界主宰，神。
小说中的地球世界是阿虚意识流产物，凉宫、朝比奈、古泉等是为了阿虚的想法变异出来超级神或者普通人。长门是意识流观察者，观察凉宫现象的根源是什么。
阿虚通过意识流在平行世界中跳跃，而不全是身体本身，所以他的刀伤不在而记忆留存。
好比凉宫点燃了超级大礼花爆炸出了神奇的东西。所以大家都把焦点盯向凉宫。
其实是阿虚是背后黑手，凉宫只是马仔、被控制的操作员。
这么看来的话楼主应该看的是剧场版吧。我是很久之前看的小说，特意回去看了一下才来回答问题。
1>我认为阿虚的“吻合了”指的是他复述的这一段话和未来的阿虚之前对他说的话基本一致。阿虚意识到那是未来的自己后就知道自己将来一定要回到过去重复一遍这段话。如果说错了会导致世界发生改变，所以自要好好记住。
2>这个问题我觉得用阿虚用茶水在长门的桌子上画出的图就可以说明。12月18日清晨，阿虚所在的时间线发生了很大的改变，几乎可以被看成是一个平行世界了。去救被刺伤的阿虚的朝比奈、长门和未来的阿虚则是从原来的正常的时间线延续下去的未来中赶回去的。如果觉得很在意时间悖论的话就把被改变的世界当成平行世界好了。
ps后续关于阿虚回到过去救自己的故事可以在凉宫春日系列第五卷《凉宫春日的暴走》和第六卷《凉宫春日的动摇》中看到。楼主想要的话我可以传上来。
楼主，事实上你看过小说后就知道了，《凉宫春日的消失》动画基本按小说剧情，后面阿虚又和朝比奈（小）还有长门穿越一次。救被刺的阿虚的是穿越的长门，所以朝仓凉子会这么吃惊。小说里是第七卷《凉宫春日的阴谋》，放一小段原文：
我和长门、朝比奈学姐三个人来到门口穿鞋，在那个狭小的空间内，我们相互簇拥着肩膀紧挨在一起。上个月，和朝比奈学姐（大）一起逆转时间的时候把鞋子给忘了。那个教训现在清晰地浮现出来。她的高跟鞋越过四年的时间还放置着，的确像长门的作风。也不能把鞋还给眼前这个朝比奈学姐，还是别理会了。
“嗯……是去年十二月十八日的几点来着？”
长门的回答精确到秒，朝比奈学姐点了点头。
“出发啦。阿虚，闭上眼睛。”
于是——
时间移动。经历过好几次的那种感觉。头晕目眩得几乎要呕吐。虽然闭着眼睛，可还像是感觉到光在闪烁。就像脸朝着高空坠落，令人不快的指数急速上升，难以说明的空间掌握能力的丧失，就像坐在失控了的云霄飞车里被转了几十圈似的，身心都脱离了平常状态。我的半规管眼看就要达到极限了——
我的脚掌重新接触到了地面，地球引力作用在身体上真舒服。
“到了。”
长门低声说着，我睁开眼睛。
然后吓了一跳。
因为发现自己站在校门的正前方。
赶快想起来。四年前的七夕那天穿越时光的我照着长门（待机模式）的指示，与朝比奈学姐一起返回十二月十八日的时候，我注视着长门在黑暗中改变世界的情景，然后走到路灯下。
现在的我们就出现在那正当中。
那个“我”，正跟改变完世界，也把自己改变了一下，戴上了眼镜的长门说着什么。还能看见肩上搭着我的夹克衫的朝比奈学姐的背影。这，也太不妙了吧。不管怎么说，离得太近了。
“不用担心”
我们的长门说了句没有抑扬语调的话。
“他们看不到我们。不可见遮音磁场已经打开了。”
也就是说，在我看见的“我”朝比奈学姐（大）、长门（戴着眼镜）他们看来，我们大家的样子就成了无声的透明人了吧。这件事不需要长门详细解释，是因为本人也跟着来的缘故啊。觉得一丝遗憾。
朝比奈学姐不住地眨眼，
“嗯……那个女的是谁？是个大人，怎么会在这呢？”
只是个背影而己。朝比奈学姐不明白也是理所当然的。能想象出那里居然会有未来的自己，她的思维也太富有跳跃性了，底要不要告诉她呢？我正为这事烦恼的时候，发生了一件令我的这个想法烟消云散的事。虽然知道，可就是这么客观地看着，还是使人起鸡皮疙瘩。
从黑暗中突然冒出一个人影。从我们身旁掠过，等我们看清那个身影是朝仓凉子的时候，朝仓已经向我们冲过来了，不，是撞向事实。刀放在腰间，气势汹汹地冲过来了。
朝比奈学姐喊叫着什么，来不及了，“我”被刺中了。就像记忆中的那样。
“呜……”
好像很痛的样子。
那个时候没有注意到，朝仓转动着那把刺人的刀，样子令人厌恶。她充满杀机，没有片刻的犹豫，她把刀刺进了“我”的身体。毫无疑问，朝仓凉子完全是个杀人未遂犯。
“我”倒下了。
“啊……阿虚他！”
朝比奈学姐也喊叫起来。眼看着要跑上去，“啊……！”立刻撞上了透明的墙壁，悲痛地仰望着。好像在一瞬间忘了我就在她身边。她的眼里只看到那个倒下的“我”。我是该感到高兴还是不高兴呢。
“长门君！”
长门冲着朝比奈学姐缓缓地点了点头，
“磁场消失了。……到此结束。”
朝比奈学姐跑了过去，与此同时长门自己也动了起来。比夜风还迅速的长门，一瞬间抓住了朝仓举起的刀。耳边响起了朝仓那夹杂着恐惧与僧恶的喊叫声，我也奔向自己的跟前。哎呀呀，那样子真是惨不忍睹。
朝比奈学姐（小）边哭边紧紧搂住“我”。能为我担心，实在感到很高兴，可是那样摇晃，会让我死的更快的啦……
她眼泪朦胧地拼命呼喊着“我”，根本没注意就站在她身边的女子。我真想大声说谢谢。
面带着沉痛，低垂着眼睛的朝比奈学姐（大）仰起脸，凝视着我。
“你来啦。”
不过来晚了点。不是时间上的晚，是情绪上的。
“……喂……”
这个声音，是记忆中的长门。跑步的身影让我的心脏有点痛。戴着眼镜的那个长门，摔了个屁股墩，满脸吃惊的表情。睁开的黑色的眼两从倒下的“我”移向朝仓，然后移向与自己同样打扮的水手服上，最后把目光移向了我。
“为什么……”
这是我和长门的约定。所以，我不能和另一个长门，就是刚改变完世界的这个长门说话，我该做的事只有一件。
捡起三年前的长门做的短针枪，我俯视着自己。为了说出那些话，我张开嘴，说了记忆中的那些话。我想这就能合得上了吧，只要是大体相似的话，多少有点出入是允许的。那个“我”完全闭上了微微张开的眼睛，脑袋朝向了侧面。昏厥的这一幕太精彩了，还让人以为是死了呢。不过再不止血，可真的要死了呢。
那么，从现在开始，完全该由我们出场了。这以后会发生什么事，我也不知道。
我最先看到的是，长门阻止朝仓的举动。
“……”
长门抓着的刀，一边发着光一边化成了沙。想逃离现场的朝仓，脚像是被粘在地上似的，动弹不了。
“这，为什么？你……”
长门说话有点快。
朝仓的身体也开始发光。
“这不正是你希望的吗……现在也是……为什么……”
一动不动的朝仓最后提出了疑问，然后像被刀劈了似的簌簌地分解了。
几乎与此同时，
“啊？……”
朝比奈学姐身体前倾，像要伏在“我”的身上似的。柔软地闭着的眼睛，微微张开的小嘴，怎么看都是一副睡脸。朝比奈学姐（大）的手轻轻地搭在这个筋疲力尽的可爱的学姐的脖子上。
“让她睡着了。”
成人版的朝比奈学姐满怀悲伤地抚摸着幼小时候的自己的头发。
“不能让她知道我在这里的。不这么做不行。”
朝比奈学姐呼呼地睡得很香，把昏厥了的“我”的手臂当成了枕头。
“我的事别跟这个孩子说”
这个睡脸，与三年前七夕的那天，在那个公园的长凳上看到的是同一个。道理也是一样的。朝比奈学姐（大）好像不想让过去的自己看到白己的模样。背影可以，走近跟前看的话，确实朝比奈学姐就只能看到朝比奈学姐了。
我俯看着朝比奈学姐（小）和没有意识状态的“我”。
长门单膝下脆，向下蜷身，把手放在被刀刺中的“我”的侧腹上。多亏她这么做。总之，血止住了，“我”那苍白的脸总算看起来有了人样。帮我治伤的原来是这个家伙啊。
长门干脆地站起身来，也不擦擦沾了血的手指，就伸出手说，
“给我”
我什么也没说，举起短针枪。实在是很久没拿过了，正为难呢。
一旦有情况，可以用来抵抗。
不管是对哪个长门，我也不会用这玩意射击。
淡漠地拿着枪的长门，把枪口对准了那个坐在地上，始终一脸胆怯地戴着眼镜的长门。干脆地扣动了扳机。
“……”
长门（戴着眼镜）慢慢地发光，并慢慢地站起来。像根柱子似的站姿，是我最熟悉的长门的姿势。递交入部申请啦，为难地拉我的衣服下摆啦，跟那个腼腆的，带着浅浅笑意的人完全不同。
好像要证明我的想法似的，那个长门很自然地摘下眼镜，裸眼凝视着我后，毫无感情的目光锁定在另一个自己身上，说道：“要求同步”
两个长门相互死死盯住对方的情景。包括这次在内，我已经多次看到过的过去的“我”。朝比奈学姐也见到过大小两个朝比奈学姐同时在场的情景。但是，两个长门对立的场面还是第一次碰到。让人有种奇怪的感觉。总觉得很壮观。
“要求同步”
被射中的那个长门重复道。射击的这个长门马上回答，
“拒绝”
连我都觉得意外，更别说那个手里拿着眼镜的长门了。眉毛微微动了一下
“为什么”
“因为我不愿意”
目瞪口呆。从长门口中说出意思这么明了的话，以前有过吗？不是借口。明确的拒绝的话是感情的直接表现，没错。
“……”
对方的那个长门好像陷人思考似的，沉默了。
“……”
沉默依旧，夜风吹抚着头发。
我和来自未来的长门轻轻地说道，
“你去把改变了的世界恢复原状。”
“知道了。”
那个长门点了点头，用只有我才能听懂的略带犹豫的声音说。
“无法感知信息综合思念体的存在”
“这里没有”
长门谈淡地说，
“我与我现存的时间和空间的他连结着。再次改变由我来主导。”
“明白了。”过去的长门答到。
“再次改变后，”
我的长门接着说。
“你怎么想的，你就怎么行动”
刚回到过去的长门，稍稍歪着头看着我。那个表情和目光中浮现出的看不见的信息，我读懂了。没有人比我更明白长门想说什么。
这个长门就是那个长门。那天，夜里出现在医院的那个长门就是现在的这个家伙。说自己的处分正在讨论中，井把我惹毛的那个家伙。
我也明白来自未来的长门拒绝同步的理由。长门不想把那个时候自已应该做的事告诉现在的自己。
为什么呢？——问为什么，那不是显而易见的嘛。
谢谢——那个时候听到长门说的这句话就是所有的答案。
“啊虚”
朝比奈学姐对一直站着的我谨慎地说，
“这孩子我可以拜托给你吗？”
她扶起了看似很重，呼呼地安详她睡着的朝比奈学姐（小）的上身。我立刻去帮忙，按她说的，像以前那样把身材矮小的朝比奈学姐背在背上。
还像记忆中一样柔软温暖。
“一场大规模的时空震动马上就要发生了。”
朝比奈学姐（大）抱着双臂，一本正经的脸上夹杂着恐俱，说：
“比起长门刚才干的那个，这是个规模更大的复杂的时空修正。我想这次想好好睁开眼睛都困难呢。”
你这么说我自然相信，可是，有什么差别呢？
“最初的改变只不过是让过去和现在发生变化。在这之上，还有必要让时间恢复正常流动。回忆一下，你是在什么地方醒过来的。”
十二月十八日的傍晚，我在医院的病床上醒过来了。
“是吧。所以，必须得让事情变成那样才行。”
把我的夹克披在肩上的赤脚的朝比奈学姐（大），懒洋洋地不知从哪儿走过来了。
朝比奈学姐（大）一只手搭在背着朝比奈学姐（小）的我的肩膀上、扭过头去把视线对准长门。我和来到此地的那个长门静静地走过来了。还有一个人依旧站着，而倒下的“我”也保持着原样。
朝比奈学姐（大）用另一只手抓着长门的胳膊，
“拜托你了，长门。”
长门轻轻地点了点头，她凝视着自己，几乎要说永别了。另一个长门也什么都没说。也许是我的心理作用肥，觉得好像很寂寞似的。不用担心。我还记得那时我说过的话。倒在那儿的“我”即将要跟你说的话。那个家伙一定会那么说。所以安心来探病吧。别忘了跟你的头儿说句混蛋哦。
“闭上眼睛，阿虚。”
朝比奈学姐（大）小声说到。
“晕过去可不行哦。”
我听从忠告，紧紧地闭上双眼。
接下来的一瞬，我感到世界在扭转。
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