黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授。
柯南结局498话（2小时半特辑）内容完全披露 感人
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。 “终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。” 他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。新一听见步美的声音：“再见了，柯南同学"
应该是假的吧
大势所趋的感觉：跟柯南（新一） 服部平次 还有其他的涉及到的比较聪明的帅哥 一起破获黑衣组织 身份应该被他们两个知道了吧 最后应该就不做怪盗了 但是不保准他孩子n年后不做 哈哈 总之 等着青山吧
1、怪盗基德应该会和柯南联手消灭黑衣组织，因为之前的怪盗基德（黑羽快斗的父亲）就是被黑衣组织暗杀的。
2、快斗为了查明真相才假扮基德的详见《魔术快斗》漫画。而柯南一直在追查组织，相信他们会联手的。
3、结局可能会是组织被铲除，基德自首，也可能是基德为帮助柯南牺牲。
4、还有可能是不再做怪盗，退隐江湖。
偶说个大致的吧：
1，
青子在与快斗的接触中早就开始怀疑快斗的身份了详见：《魔术快斗4》“暗黑骑士”话，青子问快斗“你在偷笑什么呢，怪盗基德（但马上改口说自己是开玩笑的）”——有可能是白马告诉她的
但是她相信快斗，他理解快斗做怪盗一定有他的理由
但是她也确实不喜欢快斗再继续当怪盗
所以总是以旁敲侧击的方式（例如故意说自己很讨厌怪盗基德）想去改变快斗，希望他可以放弃做怪盗
换句话说——既是青子知道了快斗是基德，她也会假装不知道，依然表现的很讨厌基德——青子依然是青子啊
2，
后来，中森警官也发现了快斗的身份，并且知道了快斗的苦衷，知道他其实是在和一个势力庞大的组织对抗的——正因为这样所以他决定帮助快斗。
所以，他依然装的像以前一样自大，只是他每次故意装着很自大（例如：“说自己的案子别人没资格来插手”之类的）其实是不想让别人接手KID的案子，这对快斗也是一种变相的保护——而快斗也没有发现自己的身份已经被中森警官知道了。
3，
由于知道那个组织的势力之庞大，担心有朝一日会因为组织的关系，而殃及到自己的女儿（青子）。所以，中森警官把快斗是怪盗基德的事情告诉了青子，又故意扮作“恶人”威胁女儿。说“看在快斗是你儿时好友的份上，只要你不再与他来往，我就不会揭穿他的身份”并给青子订好了机票要送他去维也纳学钢琴，并且要青子把这件事情对快斗保密。
4，
由于快斗豪不知情，所以和以往一样发出预告函去行窃**一颗叫“雪色离别”的宝石——但他不知道，那一天，正好的青子要坐飞机去国外的日子。
在宝石得手以后，躲到了一个自以为隐蔽的地方，却竟然被中森警官撞个正着，正当快斗以为自己要"完蛋"了的时候，中森警官却说“其他人已经按照我的指示，向另外一个方向追去了，现在只有我一个——其实，我早就知道是你，快斗”
快斗愣住了。而中森警官却坦言说自己早知道了快斗，并且知道快斗当怪盗基德是为了阻止组织的计划，与组织对抗。所以自己想要帮助快斗，但是却不想让青子被牵出进去
中森警官告诉快斗今天青子就要乘坐飞机出国的事，说如果快斗现在赶去，说不定可以见她最后一面。
5，
快斗来不及脱下怪盗装，用滑翔翼到飞机场，之间青子的那班飞机刚好起飞——他知道自己赶不上了，于是只有站在屋顶上目送着青子。并在心中默默对自己说“能让青子离开或许是最好的结局——至少，可以放心了，她不会被牵扯进来”
而飞机上独自离开的青子向窗外望了望，在雪中，她依稀的看见一个屋顶上站着一个白色的身影，她知道，那就是快斗——她想笑，但是却哭了
中间插叙一点点，青子离开以后，快斗突然觉得自己曾经在行窃的时候（偷铃木家的"黑暗星辰"的时候）偶然遇到的那个女孩（毛利兰）和青子很相似。所以几次出手帮助她和柯南，为的是希望自己和青子的遭遇不要在他们（小兰和新一）身上重演
6,
青子离开日本以后，快斗可以毫无牵挂的和组织对抗，去收集‘潘多拉宝石’加上有中森警官的协助，更是取得了不小的进展但是，在深入调查组织的时候，中森警官却不幸身亡了。
快斗又悔又恨，觉得对不起中森警官，也对不起青子，于是化悲痛为力量经过N多波折以后，和大家（柯南等人）一起联手，终于搞定了那个组织
7,
但是，快斗是KID的身份也被警方知道了。由于考虑到快斗当KID是为了和组织对抗，所以警方决定不追究起法律责任。另外，因为害怕把有关组织的事情宣扬出去会带来社会恐慌，所以最后对外界谎称“怪盗基德已死”，而对组织的事情一字未提。
8，
远在海外的青子听说“怪盗基德已死”的消息，悲痛万分，她会到日本，来到曾经的那座钟塔前，仿佛觉得一切都变了就在这个时候，眼前突然出现了一个男孩，变出一朵红色的玫瑰：“你好，我叫黑羽快斗，请多指教！”
青子（抬头，惊，兴奋）“快斗！”
——over——
这个只是粗略情节，如果想看具体的，有地址：
>
可以追加点分吗
PS:（对补充问题的回答）
至于新一和小兰，当然新一是变回去和小兰在一起了，服部跟和叶额。。。。==！（最后新一用变声器模仿服部的声音骗和叶说服部要去很远的地方很久不能回来）所谓“一山不容二虎”，一个侦探片，当然也不能有那么多高中生名侦探了，主角是肯定要留着的，配角就只好对不起了⊙﹏⊙b汗，再加上平和在前面的情节里面太无悬念了
至于平次的具体情节：在柯南侦查组织十分棘手的时候，服部主动提出要帮助柯南。结果他们两在某个树林里去收集证据进行调查时被人追杀。服部提出跟柯南分头跑，柯南不小心从山坡滑下去，跌到了下面的一个村子里，晕了，被村民发现送去医院，而服部却自此没了消息。后来过了将近两个星期，在树林里面一个隐蔽的屋子里面的柜子里发现了服部（因为两个星期以来一直与外界隔绝，断水、断粮，加上柜子是密封的，没有足够的空气,所以）
对于大家最关心的结局问题，作者青山冈昌没有过多透露，只是表示会是出乎所有人预料的，同时动画会先于漫画结束，而最后的全部剧情将在漫画内得到彻底解答，至于在柯南完结之后是否会继续创作基德的故事，青山则表示：还没考虑太多，不过如果读者喜欢的话也没什么不可以。
官方消息，关于哀的问题，青山老师给出了最后的答案，哀在最后的几集中，被组织以极隐秘的方式所枪杀，目前青山老师的这部分的漫画已经画完。
据青山老师说，在哀生命即将结束的时候，与柯南{工藤新一}的对话很经典，她就这样退出了这段本不属于她的感情。而小兰被组织绑架了，柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局，大家不要想的很乐观，青山老师说会出呼所有人的意料！
角色简介：黑羽快斗，日本漫画《魔术快斗》主人公以及《名侦探柯南》中的客串角色，17岁，江古田高中2年B班学生。精通易容、变声、逃脱术。
有一天突然发现其8年前去世的父亲黑羽盗一就是怪盗基德后，为找出杀害父亲的凶手，成为第二代怪盗基德，通过大胆的盗窃行为来调查父亲的死因。发现父亲是被神秘组织暗杀后，便与神秘组织为敌，试图瓦解其阴谋。
恩，怎么说呢？目前还没有结局。
如果想了解基德你可以去看看魔术快斗。不管是柯南还是魔术快斗青山大叔都还没写结局，但我认为基德的结局应该是好的。可能最后基德找到了杀害父亲的真凶，然后就停止了自己的怪盗生涯，和青子在一起。至于中森青子最后能否知道她一直讨厌的怪盗的真实身份其实是自己的青梅竹马黑羽快斗，我们无从得知，有可能73大叔写成一个唯美的结局。最后青子她们都不知道快斗的身份，这成为一个永恒的秘密。
但我至少觉得最后快斗应该会和青子幸福的走在一起。
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