中统和军统地位是平级，但中统成立时间较早。
中统是国民党中央的情报机构（对内情报）。军统是国民政府军事委员会的情报机构（对外情报）。
具体区别：
中统：中国国民党中央执行委员会调查统计局（简称为“中统（局）”）是国民党CC系***陈果夫、陈立夫所控制的全国性特务组织。“中统”是国民党党务部门控制的特务机构，与“军统”并称国民党两大特务组织。“中统”的作战对象除了中国***，还包括汪伪等蒋介石的敌对政治力量。1947年4月，中统改为“党员通讯社”1949年3月，又改为“内政部调查局”，隶属于行政部内政部。
军统：国民政府军事委员会调查统计局（简称军统局，BIS），中华民国情报机关之一。前身是中国国民党党团组织“复兴社”下属的“特务处”。特工最多时近5万名，分布到国民政府军队、警察、行政机关、交通运输机构，乃至驻外使领馆，专门以监视、绑架、逮捕和暗杀等手段进行活动。军统局在许多地方设有集中营、秘密监狱和看守所。抗日战争期间，也从事一些搜集敌方情报并恐怖活动。1946年8月，军事委员会改组国防部，军统局的公开特务武装部分与军委会军令部二厅合并为国防部第二厅，郑介民任厅长；秘密核心部分组成国防部保密局，毛人凤为局长。
中统和军统的区别是出身不同、组织不同、运作不同。
区别一：出身不同
从出身看，成立中统和军统的幕后推手不尽相同。
1926年5月，国民党中央组织部代理部长陈立夫成立了“党务调查处”，职责局限于党员情况的调查登记，与特务工作没有半毛钱关系。
1927年，老蒋迫于“清党”和派系斗争的压力，调查科增加了“调查党员思想及派系隶属”的职能，成员也由十余人增加了数倍，其工作重心由党务工作转向特务工作。1938年3月，中统在老蒋的授意下成立。
1931年“九一八”事变后，老蒋因抗战不力，饱受舆论指摘。他有感于意大利墨索里尼的独裁打手“黑衫党”，在黄埔军校中挑选了忠心和能力俱佳的贺衷寒、戴笠、郑介民、康泽、桂永清、胡宗南等13人，成立以军人为主体的“复兴社”，内部设有核心组织“力行社”，下辖从事监视、刺杀、绑架等任务的“特务处”，戴笠任处长。
1937年底，力行社特务处和国民政府军事委员会密查组合并。1938年8月，军统正式成立，仍由戴笠任局长。中统和军统分别隶属于党务和军队，成为两者出身的鲜明标志。
区别二：组织不同
中统和军统在组织上略有差异。中统围绕局长室建立了人事科、专员室、第一、二、三组，经济调查处、交通处、研究室、统计处等处室。在重庆实验区和各省市设有调查统计室，各行政机构有调查室或工作组。1941年，中统全盛时期各类工作人员多达13万人，加上中统控制的党员通讯员，总数约20万人。
军统成立后，“其基本工作人员，共约七千人左右。”1937年底，南京失陷后，军统迁往重庆，内部组织分为设计委员会、特种技术研究室、经济研究室、缮写室、医务室等等部门。军统成员遍布军队、警察、行政机构、交通运输部门以及驻外使领馆等要害部门。1943年，军统和美国海军情报所合作建立了“中美特种技术合作所”。
与军统发展相对应的是系统内部人数的膨胀。军统由1942年的11230人扩张到1945年的约4万人。抗战后期，军统控制的武装力量约9万人，加上若干地方部队和伪军约80万人，仅军统内部少将以上的军官就超过百人，自身实力非同一般。中统和军统通过各自的组织，在不同的领域监控着国民政府的社会、经济、军事、外交等方面的运行。
区别三：运作不同
中统和军统的组织架构不同，决定了两者迥异的运作方式。中统公开以“调查干事”、“调查员”或“通讯员”的名义，在各省市党部、行政机构、执法机关、交通部门安插中统成员。在学校、企业、工厂和社会团体建立“国民党党员调查网”，借此加强对全国各地区、各部门的控制。
中统采取“重用叛徒、扩大自首潮流、以毒攻毒”的策略，期望顺藤摸瓜，攫取最大利益。1931年，中统的前身“党务调查科”利用叛徒作眼线，在武昌抓获中共中央特课负责人顾顺章。在狱中，顾顺章叛变，供出大量中共重要情报，对中共造成巨大影响。中统的处事风格狠辣果决、行动迅速。
军统在运作中，分为内勤和外勤两部分。内勤以军统本部为主，发挥主导和联系的作用，相当于军统的“大脑”。外勤又有公开组织和秘密机构之分。公开组织是特务掌控的军事警察组织，秘密机构包括军统在各地建立的“区”、“站”、“组”等三级机构。
1938年底，汪精卫背叛国民政府，公开投靠日。老蒋恼怒不已，必欲除之而后快。1939年3月，汪精卫逃窜至越南河内。3月20日晚，在戴笠的策划下，军统派出以陈恭澍为首的秘密行动小组，在当地高朗街27号汪精卫住所实行暗杀任务，行动误击汪精卫秘书曾仲鸣，汪精卫逃过一劫。这次暗杀行动展现出军统对秘密行动的高度执行力。
国民党元老陈立夫曾回忆：“我们（中统和军统）的工作，可称之曰党的耳目，你们看人身上耳与目都是成双的。所以党的耳目，亦不妨有两个，互相查对，是有益无损的。”相对而言，中统和军统一明一暗，相辅相成，构成一个完整的特务体系。
军统是“国民政府军事委员会调查统计局”的简称，国民党统治集团为维护其统治而设立的特务组织。1938年8月成立。 军统前身是“军事委员会密查组”（1927年）、复兴社特务处（1932年4月）、军事委员会调查统计局第二处（1937年）。主要负责人为戴笠。 军统局内勤组织共有八处、六室、一所；外勤组织在各在城市设“区”，在各省设“站”，在一些重要城市“特别班”。其基本组织为“组”及直属情报人员。 1946年戴笠乘坐飞机失事死后，军统局进行改组，其公开特务武装部分与军委会军令部二厅合并为国防部第二厅，由郑介民任厅长；秘密核心部分组成国防部保密局，毛人凤为局长。1949年，军统主要机构撤至台湾。 中统是国民党CC系陈果夫、陈立夫控制的全国性特务组织。即中国国民中央执行委员会调查统计局的简称，它正式成立于1938年8月，其前身是1928年国民党中央组织部调查科。 中统局由国民党中央党部秘书长兼任局长，实际由副局长负责。陈立夫、朱家骅先后任局长、徐恩曾、叶秀峰先后任副局长。中统局在国民党各省、市、县党部都有有分支机构，以党政机关、文化团体和大中学校为活动重点，特务活动遍及全国。
国民党的军统的全称是，国民政府军事委员会调查处，后期发展成为军委会统计调查局、国防部保密局，因其属于军队序列，所以一般称其为军统。军统局负责军、宪、警部门以及对外的情报安全工作（类似今天美国的CIA）。
但是由于军统局成立后不久国民政府西迁重庆，形势严峻，军统局也担负了一些诸如对行政机关、交通、金融等要害部门的监控，这样后来就引起了与中统局的权限冲突。军统局为终身特务。抗战期间军统局大为发展，在敌后进行了大量的破坏、暗杀活动。
而中统的全称是，国民党中央党部统计调查处，中央党部调查委员会，国民政府统计调查局。因其始终为国民党中央组织部所掌控，故称其为中统。中统局负责除军、宪、警等军事部门外的情报安全工作。实际工作中也是基本上维持在这个范围之内的，因为军统局也不允许他干涉越权。
中统局的工作重心在党政机关内部，另一个重点就是暗中打击一切反对派政党，尤其是***。此外对于社会舆论、思想言论也负有监控责任。（类似现在美国的FBI）
在四十年代以前，中统的势力非常大，因为实际上国民党的各级基层党组织，都是中统的特务网延伸。许多基层党部的负责人，本身就是中统的基层负责人。
抗战以后，由于国民党的情报工作对象有所改变，从以对付中国***向对付日本侵略转变，因此中统的地位开始下降，而军统的地位不为提升。同时，由于大片国土沦陷，中统的组织系统严重破坏，而其又不能及时的联络这些基层组织。逐渐为军统所取代。
加之军统头子戴笠对蒋有知遇之恩和师生之情，对蒋言听计从。而中统主要为国民党CC系的大老陈立夫、陈果夫叔侄所掌握，在人事上蒋不能直接控制，也逐渐失去了蒋的扶持。到了国民党退台后，中统实际上已经丧失了全部组织系统。而军统的组织系统倒是得以保存和发展。
由于中统与军统在争夺秘密工作的主导权上，进行了长期的明争暗斗，双方的合作非常有限。国民党逃台后，蒋介石对两个特务组织进行了改组，成立了国家安全局和军事情报局。这实际上就是中统与军统的延伸。对双方的工作范围也进行了区分，明确了国安局以对内安全为主，重点是侦查岛内的中共组织。
军统以对大陆为主，重点是对大陆侦察、派遣、破坏和武装袭扰。但到蒋经国后期，特别是“江南事件”以后，蒋经国开始改组台湾情报特务组织的系统与任务范围。国安局逐渐取代军事情报局，成为岛内最大的情报机关，并开始掌握对大陆的特务与情报活动的主导权。而军情局反而变成了单纯的军事情报机构了，主要负责对大陆军事系统的情报工作。
其实大部分来说是没有区别的，军统做得比较多的是台面下的事，比如说“剿共”，一些暗杀、侦探什么的都是军统在做。而中统局成立比较早，其中有些“老党员”陈立夫、 张道藩、吴大钧、叶秀峰、徐恩曾等等有权高震主，尾大不掉之嫌。所以蒋才会另外扶植了戴莅成立军统作为牵制。所以蒋在很多是事情上，特别是“抓捕共”的时候，都是军统在太面下做。
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