可以在全国范围内任一公安出入境管理机构或者自助签注机上办理。2018年9月1日起，内地居民可在全国范围内任一公安出入境管理机构异地申请换(补)发普通护照往来港澳通行证、往来台湾通行证可在全国范围内任一公安出入境管理机构异地申请往来港澳台团队旅游签注。
2019年4月1日起，中华人民共和国往来港澳通行证，实行全国通办。申请人异地申办赴港澳台团队旅游签注，还可在自助签注机上办理，立等可取。
《中华人民共和国公民出境入境管理法》
第一条为保障中国公民出入中国国境的正当权利和利益，促进国际交往，特制定本法。
第二条中国公民凭国务院主管机关及其授权的机关签发的有效护照或者其他有效证件出境、入境，无需办理签证。
第三条中国公民出境、入境，从对外开放的或者指定的口岸通行，接受边防检查机关的检查。
第四条中国公民出境后，不得有危害祖国安全、荣誉和利益的行为。
网上可以这样办港澳通行证：1、登录出入境网站，按提示要求填好相应内容；2、在申请的第四个工作日后，可登录网站查询申请是否已受理；3、申请受理后，可以在第10个工作日后，凭有效的港澳通行证、身份证、申请回执编号到市公安局出入境管理处领取签注。网上申请获得审批通过后，要制作签注，必须按规定交费用。法条
《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》第三条 内地公民因私事前往香港、澳门，凭我国公安机关签发的前往港澳通行证或者往来港澳通行证从指定的口岸通行；返回内地也可以从其他对外开放的口岸通行。指定的口岸；往香港是深圳，往澳门是拱北。
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法律分析：港澳通行证应当在公民所在地公安局的出入境管理处或者户口所在地的分局出入境管理科进行办理。办理时要提供本人居民户口簿及复印件、居民身份证及复印件、一张小2寸半身免冠数码照片（除了照片之外其他都需要先准备好复印件）。需要注意的是，首次办理港澳通行证的必须由本人亲自办理，办理之后两周左右可以领取证件。
法律依据：《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》
第九条 内地公民因私事申请前往香港、澳门，须回答有关的询问并履行下列手续：（一）交验户口簿或者其他户籍证明；（二）填写申请表；（三）提交所在工作单位对申请人前往香港、澳门的意见；（四）提交与申请事由相应的证明。
第十条 本办法第九条第四项所称的证明是指：（一）夫妻团聚，须提交合法婚姻证明，以及配偶在香港、澳门有永久居住资格的证明；（二）去香港、澳门照顾年老体弱父母或者无依无靠的老人、儿童投靠香港、澳门亲属，须提交与香港、澳门亲属关系及其在香港、澳门有永久居住资格的证明；（三）继承或者处理产业，须提交产业状况和合法继承权的证明；（四）探望在香港、澳门亲属，须提交亲属函件；时间急迫的，应尽可能提交与申请事由相关的说明或者证明；（五）会见台湾亲属或者会见居住国外的亲属，须提交亲属到达香港、澳门日期的确切证明。
