医疗合作的全称是新型农村合作医疗保险，是以群众自愿互助为基础，依托集体经济实行疾病防治互助的福利性医疗制度。社会保障是一种非营利性的社会保障制度，具有收入再分配功能。两者的具体区别如下:
覆盖的对象是不同的
只有农民才能参加医疗合作，全家都要参加。社会保障是国家为补偿劳动者因疾病风险造成的经济损失而建立的社会保险制度。
不同的支付方式
医疗合作是农民自愿参加；它由雇主和雇员共同支付，并且是强制性的。
不同待遇
新型农村合作医疗费用补助在不同级别的医疗机构是不同的。除个人账户费用外，60%的参保人可享受门诊和住院待遇。
不同的功能
医疗合作是符合我国农村实际情况的医疗制度，是以大病统筹为主的医疗制度。这是一种互助合作医疗制度。社会保障具有安全性、普遍性、互助性、强制性和福利性的特点。
