杭州南站的话最早一趟到南京的车是凌晨1:49的。另外凌晨两点多还有一趟。白天是没有从南站到南京的火车的。只有到了下午四点半才有。所以建议你到城战去坐车到南京，城战的车很多，而且有高铁到南京，三个小时就到了。
从杭州南站去杭州东站，除了自驾还有三种方式，一是乘坐地铁，乘坐5号线转4号线，早上06:00首班车次，到各站点略延后。公交车与地铁差不多，但地铁不堵不塞。
二是乘坐火车出行。首班车次：
车次：G2668
发站：杭州南(07:41)
到站：杭州东(07:51)
候车：7A
餐车：09
里程：16公里
二等：9
一等：15.5
历时：00时10分
三是出租车。不限时间，方便快捷。全程22公里，运行时间十多分钟。
