在西班牙的统治下实行殖民主义，满挂西班牙旗，西班牙战舰和士兵在菲律宾港口随处可见。
16世纪菲律宾几乎没有工业，全靠农业和西班牙皇室外援，每一个西班牙农场主都拥有100个菲律宾工人。更有趣的是，每一个西班牙士兵都有3个菲律宾妓女以上陪同。
16世纪末，菲律宾工人曾发动暴动起义，在马尼拉大肆屠杀伪西士兵和西班牙人，南部西班牙军在与工人的冲突中陷入混乱，但最终拖垮了起义，但菲律宾的经济大幅滑落，农场主纷纷弃下工人，逃回西班牙。马尼拉冲突共造成大约2000名菲律宾工人死亡，还有100~200西班牙士兵死亡，由于尸体成堆，爆发了瘟疫，连总督府也撤离马尼拉，大批工人和贫民病死，原住民抵抗部落也折兵损将严重。
17世纪初，西班牙王室再度直指进军菲律宾，在与原住民部落短暂战斗后，再次登陆菲律宾，并开始了一个新的殖民时代。在此后百余年间，西班牙与菲律宾原住民的战斗没有停止，而在重新发展过后，马尼拉成为了西班牙的一个军事要塞，而雾宿岛，成为了西班牙农场主的新天地，西班牙在菲律宾的殖民重新开始了。
肯定死得更快
第一：如果当年永历皇帝有舰队，而且有能力，也有实力，海路迢迢的去菲律宾，就没有必要逃去缅甸了。
第二：西班牙人，1565年就侵占了菲律宾的雾宿岛，这是西班牙殖民菲律宾的开始。
而永历皇帝是1659年12月逃入缅甸的，如果以此推算，西班牙人已经在菲律宾经营了快100年了，正是兵强马壮的时候。朱由榔那个时候去菲律宾，不是去找死吗！
而且，西班牙的皮萨罗，1532年在美洲，绞死了印加统治者阿塔瓦尔帕。
那菲律宾的西班牙总督，在1659年，也就不差再绞死一个永历皇帝了。
