总体建议还是坐动车比较好，最好的是把车开到火车站，然后再坐动车，比较便捷。但是特殊情况，比如出门办事比较急的，又有很多行李的还是建议开车好，时效上比较贴合。以下是具体的方案：
一、方案一（开车）
从温岭开车到南京的总行程里数为572.4公里,开车时间需要6小时17分钟,油费约363元,经过高速公路收费站的总过路费约255元。
二、方案二（坐动车/高铁）
G7670 温岭-南京南 08:53-12:50 3小时57分 二等座249.5元
D3296 温岭-南京南 14:34-18:46 4小时12分 二等座195元
D3142 温岭-南京 12:33-18:07 5小时34分 二等座264 元
D3136 温岭-南京 14:10-20:28 6小时18分 二等座264元
D3126 温岭-南京 15:11-21:16 6小时5分 二等座264元
总体从票价和时间上看，还是动车比较快捷。
上海虹桥-宁波 杭州东-温州南 苍南-杭州东 温州南-上海虹桥 南京南-温州南 厦门北-宁波 温州南-合肥南 苍南-淮南东 上海虹桥-莆田 汉口-温州南 苍南-六安 龙岩-上海虹桥 北京南-福州 深圳北-杭州东 赣州-南京就这么多了多温州坐动车组到南京，经过的车站具体如下：车次序号车站日期到达时间开车时间停留时间公里数D55901温州南当日07:5207:52起始站0D55902乐清当日08:0408:062分35D55903雁荡山当日08:1908:212分76D55904温岭当日08:3008:322分99D55905台州当日08:4008:422分123D55906临海当日08:5208:542分146D55907三门县当日09:0309:052分169D55908宁波当日09:4009:422分275D55909余姚当日10:1210:142分323D559010上虞当日10:3410:362分355D559011绍兴当日10:5210:542分383D559012杭州当日11:4011:422分446D559013海宁当日12:1412:162分511D559014嘉兴当日12:3012:322分539D559015上海当日13:3113:4110分649D559016昆山当日14:0214:042分698D559017苏州当日14:2214:242分733D559018无锡当日14:4514:472分775D559019常州当日15:0715:092分814D559020南京当日16:1016:10终点站