南京各个线路地铁运营时间不同，具体的12条路线的运营时间如下。
线路运营时间和线路信息。
1，南京地铁1号线。
首末班车时间。迈皋桥05:42 - 23:19 | 中国药科大学05:47 - 23:27。
线路信息。新街口站换乘2号线，安德门站换乘10号线。
2，南京地铁2号线。
首末班车时间。油坊桥06:00 - 23:00 | 经天路06:00 - 23:00。
线路信息。新街口站可与1号线换乘，元通站可与10号线换乘。
3，南京地铁3号线。
首末班车时间： 林场06:00 - 23:00 | 秣周东路6:00 - 23:00。
线路信息：开工时间：2010年12月1日； 开通时间：2015年4月1日。
4，南京地铁4号线。
首末班车时间： 仙林湖06:00 - 23:00 | 龙江06:00 - 23:00。
线路信息：南京地铁4号线一期途径鼓楼区、玄武区、江宁区和栖霞区，线路西起龙江站，由南京主城一路向东。
5，南京地铁10号线。
首末班车时间： 安德门06:00 - 23:40 | 雨山路6:00 - 23:00。
线路信息：2014年7月1日已经开通。
6，南京地铁机场线(S1)。
首末班车时间： 南京南站6:00 - 22:00 | 禄口机场6:40 - 22:00。
线路信息：开工时间：2011年底； 开通时间：2014年。
7，南京地铁宁天城际(S8)。
首末班车时间： 泰山新村06:00 - 21:00 | 金牛湖06:00 - 21:00。
线路信息：本线路与其他线路暂无换乘。
8，南京地铁S1号线(机场线)。
首末班车时间： 南京南站06:00 - 22:40 | 空港新城江宁05:57 - 22:40。
线路信息：开工时间：2011年底； 开通时间：2014年。
9，南京地铁S3号线(宁和城际)。
首末班车时间： 高家冲06:00 - 22:00 | 南京南站06:00 - 23:00。
线路信息：南京地铁宁和S3号线开通，全长36.22公里，共有19座车站，其中将设置7个换乘站。
10，南京地铁S7号线(宁溧城际)。
首末班车时间： 空港新城江宁06:00 - 22:00 | 无想山06:00 - 22:00。
11，南京地铁S8号线(宁天城际)。
首末班车时间： 泰山新村06:00 - 22:00 | 金牛湖06:00 - 22:00。
线路信息：本线路与其他线路暂无换乘。
12，南京地铁S9号线(宁高城际)。
首末班车时间： 翔宇路南06:00 - 22:00 | 高淳06:00 - 22:00。
线路信息：南京地铁S9号线（又称宁高线）是南京地铁第九条建成运营的线路，也是南京地铁线网中一条南北走向的线路。
852路：翔宇路南——百家湖首末班：05:30-20:00。
1 . 翔宇路南S1号线S9号线
2 . 翔宇路·鹏程路
3 . 蓝天路·翔宇路
4 . 蓝天路·望舒路
5 . 蓝天路·飞天大道
6 . 蓝天路中
7 . 华商科技园
8 . 正阳路
9 . 正阳路南
10 . 永欣大道西
11 . 永欣大道中
12 . 永欣大道东
13 . 茅村路
14 . 令桥北
15 . 星汉城
16 . 来凤路
17 . 陆纲
18 . 马塘
19 . 八家村
20 . 小里
21 . 新宁路
22 . 周桥
23 . 长塘村
24 . 西旺社区
25 . 秣陵初级中学
26 . 秣陵
27 . 鹰皇桥
28 . 西圩
29 . 双金
30 . 金村
31 . 双龙大道秣周路3号线
32 . 东南大学路
33 . 东大东门
34 . 双龙大道吉印大道3号线
35 . 双龙大道九竹路
36 . 百家湖服务中心3号线
37 . 殷巷
38 . 殷巷北
39 . 双龙大道高湖路
40 . 二十一世纪现代城
41 . 百家湖
24分钟。为了提升S1号线和S9号线在翔宇路南站的换乘可靠度，让市民换乘更便捷，对工作日直达快车的开行时间进行了调整，直达快车在高淳站的发车时间为7：01和18：03，在翔宇路南站发车时间为7：25和18：27，周末及节假日直达快车开行时间维持不变。直达时间为24分钟。
南京地铁S9号线是南京地铁第九条开通的地铁线路，于2017年12月30日正式运营，标志色为藤黄色。地铁S9号线途经江宁区、溧水区和高淳区，线路北起翔宇路南站，经铜山、石湫、明觉后，通过石臼湖特大桥上跨石臼湖，经团结圩，进入高淳城北科技新城，南至高淳站。
