纳土纳海位于南海西南部，介于马来半岛、加里曼丹岛和苏门答腊岛之间，是南海的一个分支。北以纳土纳群岛和阿南巴斯群岛为界，南经卡里马塔海峡和加斯帕尔海峡与爪哇海相连，西经民丹岛和马来半岛之间海域与新加坡海峡和马六甲海峡相连。
纳土纳海是一个浅海区。南部30米等深线距离各岛约15 ~ 80公里，但20米等深线大部分靠近岛岸。一般中间水深50米左右，北部大纳土纳岛南侧海域最深只有109米。
海地区岛屿众多，东北部有纳土纳群岛，北部有阿南巴斯群岛，西部有廖内群岛和林加群岛。中国中部有苍白的美兰群岛和巴达斯群岛。南部还有邦加岛、勿里洞岛、玛雅岛、特拉克尔岛、卡里马塔岛等大岛。和加里曼丹岛的苏门答腊岛是平原淤泥质海岸，有低洼和沼泽海岸，红树林沿海岸断续分布，其他岛屿周围有珊瑚礁。
