土壤污染物大致可以分为无机污染物和有机污染物。无机污染物主要包括酸、碱、重金属、盐、放射性元素铯和锶的化合物、含砷、硒和氟的化合物等。有机污染物主要包括有机农药、酚类、氰化物、石油类、合成洗涤剂、3，4-苯并芘以及城市污水、污泥和粪便带来的有害微生物。
当土壤中有害物质过多，超过土壤的自净能力时，土壤的组成、结构和功能都会发生变化，微生物的活动受到抑制。有害物质或其分解产物会通过“土壤→植物→人体”在土壤中逐渐积累，或通过“土壤→水→人体”间接被人体吸收，危害人体健康。
土壤污染的间接危害性:一方面土壤中的污染物通过食物链危害动物和人类的健康，另一方面也可以危害自然环境。例如，一些水溶性污染物可以从土壤中淋溶到地下水中，导致地下水受到污染；土壤吸附的其他悬浮物和污染物可随地表径流迁移，造成地表水污染；被污染的土壤被风吹离污染源，扩大了污染面。因此，土壤污染是水和空气污染的二次污染物来源。
