南京目前有2个主要使用的火车站，南京火车站和南京火车南站。
南通到南京的火车是到南京火车站的，位于南京市玄武区，紧邻玄武湖公园。
如果是到南京南站的话，会在火车票票面上写明“南通-南京南”。
南通到南京没有动车组.
车次 出发站 开车时间 到达站 到达时间 用时 里程 硬座 软座 硬卧 软卧
5095/5098 南通 08:28 南京 12:28 4小时0分 284 22 0 0 0
5112/5113 南通 20:17 南京 00:34 4小时17分 284 33 54 61 98
K568/K569 南通 15:24 南京 19:20 3小时56分 284 33 0 56 89
N453/N456 南通 14:28 南京 18:22 3小时54分 284 44 67 0 0
N457/N460 南通 20:50 南京 00:23 3小时33分 284 38 0 67 105
