苍蝇害怕捕食的天敌有青蛙、蜻蜓、蜘蛛、螳螂、蚂蚁、蜥蜴、壁虎、食虫动物和鸟类。鸡粪是家蝇和稳定蝇的滋生地，但经常会有体型巨大的龟螨和本性凶残的蝾螈，它们会捕食粪中的蝇卵。
它们害怕苍蝇的寄生天敌，如马蜂、胡蜂等寄生蜂。它们经常在蛆或蛹中产卵，孵化幼虫后再以蛆和蛹为食。苍蝇也害怕某些植物的特殊香气或气味，包括:夜来香、薰衣草、猪笼草、七里香、冬虫夏草、乌梅、茉莉、兰花、丁香、蒲公英、薄荷等。苍蝇、蚊子、蟑螂和其他害虫会避开这些特殊的香味或气味。
