车站提供便捷换乘服务的，不需要出站即可换乘。
在长春、长春西、沈阳北、沈阳、天津西、石家庄、郑州东、武汉、西安北、济南西、南京南、上海虹桥、杭州东、南昌西、福州、福州南、厦门北、长沙南、广州南、深圳北站，对持有本站当日经停的G、D字头列车联程车票的旅客试行便捷换乘服务。
福州南站是福州高铁枢纽之一，乘坐高铁列车到深圳是比较便捷的方式。如果仅仅是从福州南站换乘前往深圳，30分钟是够的。经过换乘后，从福州南站乘坐高铁列车到深圳需要3个多小时的时间，所以建议提前40-60分钟到达站点，留出充足的时间办理换乘手续、找到正确的站台和乘坐列车。同时，在高峰期，可能会出现人流拥堵和排队等候状况，所以提前到达站点更有利于确保准时到达目的地。
