K570/K567次 重庆北 南通 有 合肥 02:08 南京 06:32 4小时32分钟 266 公里
K382/K383次 汉口 泰州 有 合肥 02:57 南京 06:51 4小时02分钟 266 公里
1434/1431次 成都 南京西 空调普快 合肥 04:25 南京 06:08 1小时51分钟 - 公里
K60/K61次 西安 扬州 空调快速 合肥 08:10 南京 12:07 4小时05分钟 - 公里
D477次 合肥 上海 动车组 合肥 08:24 南京 09:23 0小时59分钟 - 公里
D491次 合肥 南京 动车组 合肥 11:03 南京 12:02 0小时59分钟 - 公里
5065/5068次 阜阳 上海 空调普快 合肥 13:04 南京 14:52 2小时04分钟 - 公里
5065次 阜阳 上海 有 合肥 13:36 南京 15:24 1小时56分钟 156 公里
N436/N433次 安庆 上海 空调快速 合肥 13:53 南京 15:54 2小时09分钟 - 公里
D481/D484次 合肥 上海 动车组 合肥 14:14 南京 15:23 1小时09分钟 - 公里
D495/D498次 合肥 南京 动车组 合肥 15:55 南京 17:04 1小时09分钟 - 公里
D485/D488次 合肥 上海 动车组 合肥 18:53 南京 20:02 1小时09分钟 - 公里
K463/K462次 漯河 上海南 有 合肥 21:46 南京 00:13 2小时35分钟 156 公里
N408/N405次 六安 宁波 有 合肥 22:27 南京 00:21 2小时08分钟 156 公里
截至2016年10月，南通高铁站为南通站，目前只通动车、普快列车，未通高铁列车。
从南通站有到南京站的火车，没有到南京南站的火车。每天21个车次，如图所示。
因部分列车运行调整，运行时间未显示。
新华报业网讯 根据今年铁路建设安排及进度，七一前后，随着沪昆高铁湖南新晃至贵州贵阳段开通以及合福高铁开通运营，南京到贵阳将开行高铁、南京到福州、厦门动车组列车将提速。此外，随着宁安城际和宁启复线的建设，今年年底前南京到安庆、南通的动车组列车也将通车。这样一来，今年暑假，南京市民只要花9.5小时，就能从南京到贵州看黄果树大瀑布啦。而年底前，安庆、南通方向的旅客就可以乘坐高铁，轻松回家喽。南京南--贵阳北
南京到贵阳可缩短至9.5小时
4月11日，中国铁路总公司“和谐号”CRH380AJ-0202高速综合检测列车(黄医生)在沪昆高铁上首次从贵阳开至湖南新晃，沪昆高铁贵州至湖南段联调联试成功。而此次动车联调联试取得成功，标志着沪昆高铁在贵州境内已经基本建成，贵州贵阳到湖南长沙具备了动车开行条件。按照计划，沪昆高铁贵州贵阳至湖南长沙的高铁列车，将出现在今年“7·1调图”上。
这条高铁线路开通后，南京的高铁列车便可通过宁杭、沪昆高铁，开到贵阳去。记者了解到，沪昆高铁贵阳北至新晃西段全长286km，共设6个车站，从东到西依次为：玉屏东、三穗、凯里南、贵定北、贵阳东、贵阳北。届时，现开行的南京南至长沙南G1481/4次延长贵阳北站。目前南京到贵阳共两趟K字头普通列车，全程运行时间均在25小时以上。而高铁开通后，南京到贵阳的距离可缩短至9.5小时。
