原因就出在京沪高铁蚌埠南-徐州东这一段上。
京沪高铁是国内最繁忙的线路之一，每天一百多对车（印象里大概130-150左右），而且多数集中在白天10点-18点这段时间。而从合肥往济南走，是必然要通过这个区间的。
因为高铁列车速度快，车与车之间必须有足够安全的距离，否则就有追尾的风险，京沪高铁的发车间隔是5分钟，运行间隔一般大于3分钟，假设合肥有一趟发往济南的车，到达蚌埠南以后要继续北上，京沪高铁上就必须预留10分钟左右的窗口期，才能保证这趟车安全的排进时刻表。
但是京沪高铁并不能保证在任何时间都一定有准确的10分钟窗口期，如果恰好某趟车跑慢了，或者跑快了，或者这趟车本身慢了一点，就可能侵占到这个窗口期，让这个窗口期不可用，这种情况下就需要等下一个十分钟了，但前面已经提到了，京沪高铁很忙，在白天如果错过了十分钟，要等到下一个十分钟是需要很长时间的，这就造成了合肥开过来的车极容易晚点，并且一旦晚点，就要等很长时间。
如果题主仔细观察的话，晚点多数都发生在蚌埠南站。
京沪高铁其它几个跨线节点也是比较容易晚点的，比如胶济客专青岛往济南西，以及从东北方向经天津上京沪高铁等等。但这些节点比蚌埠南好的地方在于，这些都是省会级别的枢纽站点，几乎所有车都会在济南（西）、天津（西）停车，这样就算是晚点1-2分钟，问题也不大。但蚌埠南不是一个大站，如果恰好临近几趟车都在蚌埠南通过不停车，那么要找到下一个跨线窗口就非常困难了。
通常情况下，铁路调度会优先保证标杆车的正点率，通常来说，标杆车的车次号码一般比较小，最近京沪高铁又多了几趟350的提速车（G1/G2、G3/G4、G5/G6、G7/G8、G9/G10、G13/G14、G17/G18），这些车的优先级更高，而合肥方向只有G28和G30两趟等级稍微高的车，这就使得合肥过来的车更容易晚点。
反方向（济南-合肥）不容易晚点的原因是，济南西是在京沪高铁正线上的，不存在跨线的问题，正常发车就可以了。而蚌埠南-合肥南区间的车又不多，晚1-2分钟很容易追回来，时刻表的冗余度很大。即使济南开到蚌埠南的时候晚点1-2分钟，在蚌埠南-合肥南这一段也可以追回来。
凡是跨线车，尤其是从一条不忙的线路跨到繁忙的线路上的，都相对容易晚点，非跨线车几乎不太容易晚点，要晚点的话也可能是整条线路的问题。
合肥-蚌埠段的高铁是2012年通车的，2012年之前连线路都没有，自然也没有晚点的问题。
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选取一个实际的时刻表作为例子（此处有更新，原来的例子不恰当）
G352次就是一趟途经合肥-济南区间的车，一个典型的跨线车。
该车蚌埠南开车的时间是10:50，前一趟经停蚌埠南的是G114次，距离9分钟，冗余度还是很大的，但并非所有车都在蚌埠南停车，G352次前后几趟车都经停徐州东，我把这些车到达徐州东的时间列在图里，可以看到，这些车都是依次以间隔4分钟的距离到达徐州东的。
如果G352次晚点2分钟，在合福、合蚌高铁上，可能很容易追回来，但在京沪高铁上，因为前后车的距离都是4分钟，G352次没有提速的可能性，必须在10:50准时发车，否则后面的车就追上来了。
如果G352晚点了，就要一直等着，我这里的图没写完，G58后面，是G212次11:39到徐州东，然后是G1882次，11:43到徐州东，都是4-5分钟的间隔，直到G36次，11:52到徐州东，才有了十分钟的间隔，可以在这个时间段里加进去，到达徐州东的时间是11:48左右，到达徐州东时已经晚点20多分钟了。
因为京沪高铁徐州东-蚌埠南段太过于拥挤，晚点1-2分钟的跨线车可能要等十几分钟甚至几十分钟才有机会继续开行，别的线路因为不像京沪高铁这么繁忙，所以晚点1-2分钟产生的影响不大。
解决这个问题的根本方法是强制让旅客在蚌埠南换乘，然后把整个京沪高铁时刻表重排。但这在国内很难推行下去，首先是国内车站的站内换乘通道很难承担这么大的客流，而且国内旅客也习惯于坐直通车
1、雨雪天气：
为了保证高铁的安全运行，每当暴雨或者大雪天气高铁要限速运行，因此容易导致列车晚点。高铁很多是跨线的，运行的线路很长，打个比方，比如上海到哈尔滨的高铁，他运行的路线有京沪高铁和京哈高铁，如果遇到东北大风天气，那么可能京哈高铁要限速降速，那这样会影响到其他进入这条线路的列车。
2、地质灾害：
一旦遇到地质灾害，其对财力物力及设施设备的损坏都是巨大的，为了保证高铁和出行旅客的安全，每当有地质灾害发生时高铁部门会做出限速运行或者停运的措施来保证出行安全，这样就容易导致列车晚点。
3、设备故障：
当相关部门和人员出行前检查出高铁有任何设备故障时，会紧急进行检修或者临时调度其他列车运输旅客。那么当列车故障时，大概率会在始发点就影响了列车的正点到达。
4、突发或者意外事故造成的晚点：
比如：有乘客在车上抽烟触发列车紧急制动等等。准时和安全孰轻孰重，已不攻自破。顶着千万人的不理解，旅客安全也要无条件至上，风雨无阻保驾护航。高铁大面积晚点，铁路的这种看似“不为”的做法，实则是大有可为，作为普通旅客，我们理应给他们多一点理解，多一点信任和支持。
暑运开始……京沪高铁和宁京快线迎来严峻考验。记者昨天在南京南站看到，除了个别车次出现晚点状况外，大部分车次准点发出，但宁京快线则基本全线晚点。昨天，南京南站客流已经接近三万。另外，昨天跑错站的旅客还是不少，更有旅客在南京站买了在南京站上车的高铁车票后，又“不辞辛苦”赶到南京南站来上车，结果不得不再跑回去。另外，针对旅客提问率比较高的“网络购票如何取票”等问题，记者也请专业人士为您做出解答。
大雨的考验
京沪高铁4个车次晚点
晚点都没超过一个小时
昨天下午，记者来到南京南站时，不少旅客已经围在服务台前，咨询改签事宜。“我是去虹桥赶飞机的，现在车子晚点未知，我想改签最近的一班，只要不晚点就行。”“您要是时间紧，可以拿这个票，直接上下一班车，只不过没有座位了；如果您时间来得及，可以去售票厅窗口改签一下，很可能会给您改签到座位。”
昨天，由于北京下雨，导致G123次晚点57分、G127次晚点30分，G121次晚点46分，G36次晚点55分。其他车次基本正常。不过，大部分旅客还是愿意多等一会儿。“有时候大雨也会对高铁的设备，比如路基有影响，所以要保证旅客的乘车安全，首先要保证设备的正常运行。”相关人士告诉记者。
“宁京快线”13个航班
只有一架准点起飞了
相比较高铁，“宁京快线”的航班就比较“悲剧”了，由于下雨缘故，某些时刻，首都机场的能见度小于1000米，达不到飞机起降条件，所以截止到昨天18:30，13架航班中，除了一班准点起飞外，其余均晚点一个小时左右，还有一班被迫取消。在南京南站，记者就碰到了一些从机场赶来换乘的乘客。“如果不是航班被取消了，我们其实不太愿意来换乘的，因为目前机场大巴还没有开到南站，我们得打车过来。”乘客方先生说。记者了解到，目前南站的机场大巴也正在协调中，过段时间，市民们也有望在南站坐到机场大巴。
赶车的纠结
跑错站的还是多
南京站的票，跑到南站来乘车
“我这张票，到哪个检票口上车啊？”昨天，市民郑鑫先生拿着G7017次上海到南京的车票，前来咨询。“您这个是在南京站乘车的。”客服员说。“啊？我这票就是在南京站买的，但现在高铁不都挪到南站了吗？我在南站不能上车吗？”郑先生很郁闷，因为他千里迢迢从南京站跑过来，如果他再坐地铁回到南京站，就错过了乘车时间。
南站的值班站长告诉记者，从南站经过的高铁，和从南京站经过的高铁，走的是不一样的线路。所以如果您买的是“南京——某地”的高铁票，一定要去南京站上车。如果买的是“南京南——某地”的车票，才到南站上车。
另外，南京南站值班站长还特地提醒旅客，检票时要右手持票：“不少旅客左手持票，检票后，他旁边的门开了又关上，结果自己倒没进去。”
