港澳通行证在公民所在地公安局的出入境管理处办理。
港澳通行证应当在公民所在地公安局的出入境管理处，或者户口所在地的分局出入境管理科进行办理。办理时要提供本人居民户口簿及复印件、居民身份证及复印件、一张小2寸半身免冠数码照片，除了照片之外其他都需要先准备好复印件。
往来港澳通行证，俗称双程证，是由中华人民共和国出入境管理局签发给中国内地居民，因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件。
办理流程
1、申请人可先在网上提前预约申请，或直接到现场提出申请，并按照规定填写中国公民出入境证件申请表，准备好需要提交的相关证明材料。
2、申请人需要提交本人数码照片两张，可直接在现场进行拍照。
3、申请人在工作人员的指引下进行指纹采集或者核验指纹，16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定，采集后拿号等待办理。
4、工作人员对申请人提交的材料进行初审，并出具缴费单给申请人。申请人到指定窗口缴纳办证及签注所需的费用，并领取回执单。
5、受理申请后，由省公安机关出入境管理机构负责制作电子港澳通行证，并将制作好的证件送回接受申请的出入境管理机构。申请人在制证完成后，到办理的出入境管理机构领取证件。
法律分析：港澳通行证在哪里办：护照和港澳通行证在县级以上公安局出入境管理局服务大厅办理。护照、港澳通行证、赴台证。办理流程：在户籍所在省市办理护照，本人携带身份证原件，在县级和县级以上公安局出入境管理处办理。办理程序为：1.排队拍照（即使预先准备也要拍照，因为护照使用的是电子照片，也可以现场打印）；2.填写申请表《中国公民因私出国（境）申请表》（贴有小二寸白底彩色）；3.排队轮号；4.轮到后，提交申请表，身份证，相片和拍照回执，留存指纹；5.交费；6.拿回执（一定要记得拿回执，这是领取护照的凭证）。跨省办理护照依然需要带户口本和户口本复印件。跨省办理护照一般需要你在所办理省份工作六个月以上（本人在当地的纳税及社保证明），或者你的直系家属在当地居住六个月以上（本人在当地的暂住证、或，和投靠人在当地的纳税及），同时需要和复印件用于跨省审核，办证期是三十天（在本省十五天）。
法律依据：《中华人民共和国出境入境管理法》 第十条 中国公民往来内地与香港特别行政区、澳门特别行政区，中国公民往来大陆与台湾地区，应当依法申请办理通行证件，并遵守本法有关规定。具体管理办法由国务院规定
港澳通行证在哪里办
护照和港澳通行证都需要在县级以上公安局出入境管理局服务大厅办理。
以深圳为例，其办理流程为：
一、网上预约：登陆深圳市公安局出入境便民网或关注深圳出入境公众微信号预约。
温馨提醒：
(1)预约时就可以选择是到办证大厅领取签证，或是邮政快递领取。
(2)首次办理，邮递范围只限广东省内，邮政快递所需时间不纳入办理时间，邮递费用不包括在办证费用以内。
(3)凡16周岁以下申请人提出申请，须事先经父母或监护人同意，如果选择邮政速递方式领证的，邮件收件人必须为其父母或监护人。
二、材料准备：准备好必须材料，根据身份看看是否需要准备或需材料。
温馨提示：
驻深现役军人或国家记备案工作人员填写好《关于同意________申办出入境证件的函》，还需要所属人事部门盖章的审批意见。
三、大厅办理：凭电子回执，申请人携带相关证件，在预约时间内到指定办证大厅办理港澳通行证。
1、提前15分钟到大厅咨询窗口确认号码，领取预约号，等待叫号办理。(如未打印申请表格，可在大厅“申请易”或咨询台打印)
2、录入指纹：采取指纹两个，为左右手大拇指或食指在广东省公安机关出入境管理部门成功留存过指纹信息的，无需再次采集指纹，但需进行指纹核验。核验不通过，经核实身份，须重新采集指纹。
3、排队等候：采取指纹完成后办证大厅会给申请人一个排队编号排队等待，轮到自己所持编号之后，到指定的柜台递交材料进行审核。
4、办证大厅审核：审核无误，得到办理港澳通行证缴费单(在办证大厅拍摄数码电子照片的申请人还有一份电子照片缴费单)
5、缴费和领取回执：拿着缴费单办理缴费，缴费完成后办证大厅会给申请人一张回执(领取港澳通行卡就靠这张回执)。
