原因就出在京沪高铁蚌埠南-徐州东这一段上。
京沪高铁是国内最繁忙的线路之一，每天一百多对车（印象里大概130-150左右），而且多数集中在白天10点-18点这段时间。而从合肥往济南走，是必然要通过这个区间的。
因为高铁列车速度快，车与车之间必须有足够安全的距离，否则就有追尾的风险，京沪高铁的发车间隔是5分钟，运行间隔一般大于3分钟，假设合肥有一趟发往济南的车，到达蚌埠南以后要继续北上，京沪高铁上就必须预留10分钟左右的窗口期，才能保证这趟车安全的排进时刻表。
但是京沪高铁并不能保证在任何时间都一定有准确的10分钟窗口期，如果恰好某趟车跑慢了，或者跑快了，或者这趟车本身慢了一点，就可能侵占到这个窗口期，让这个窗口期不可用，这种情况下就需要等下一个十分钟了，但前面已经提到了，京沪高铁很忙，在白天如果错过了十分钟，要等到下一个十分钟是需要很长时间的，这就造成了合肥开过来的车极容易晚点，并且一旦晚点，就要等很长时间。
如果题主仔细观察的话，晚点多数都发生在蚌埠南站。
京沪高铁其它几个跨线节点也是比较容易晚点的，比如胶济客专青岛往济南西，以及从东北方向经天津上京沪高铁等等。但这些节点比蚌埠南好的地方在于，这些都是省会级别的枢纽站点，几乎所有车都会在济南（西）、天津（西）停车，这样就算是晚点1-2分钟，问题也不大。但蚌埠南不是一个大站，如果恰好临近几趟车都在蚌埠南通过不停车，那么要找到下一个跨线窗口就非常困难了。
通常情况下，铁路调度会优先保证标杆车的正点率，通常来说，标杆车的车次号码一般比较小，最近京沪高铁又多了几趟350的提速车（G1/G2、G3/G4、G5/G6、G7/G8、G9/G10、G13/G14、G17/G18），这些车的优先级更高，而合肥方向只有G28和G30两趟等级稍微高的车，这就使得合肥过来的车更容易晚点。
反方向（济南-合肥）不容易晚点的原因是，济南西是在京沪高铁正线上的，不存在跨线的问题，正常发车就可以了。而蚌埠南-合肥南区间的车又不多，晚1-2分钟很容易追回来，时刻表的冗余度很大。即使济南开到蚌埠南的时候晚点1-2分钟，在蚌埠南-合肥南这一段也可以追回来。
凡是跨线车，尤其是从一条不忙的线路跨到繁忙的线路上的，都相对容易晚点，非跨线车几乎不太容易晚点，要晚点的话也可能是整条线路的问题。
合肥-蚌埠段的高铁是2012年通车的，2012年之前连线路都没有，自然也没有晚点的问题。
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选取一个实际的时刻表作为例子（此处有更新，原来的例子不恰当）
G352次就是一趟途经合肥-济南区间的车，一个典型的跨线车。
该车蚌埠南开车的时间是10:50，前一趟经停蚌埠南的是G114次，距离9分钟，冗余度还是很大的，但并非所有车都在蚌埠南停车，G352次前后几趟车都经停徐州东，我把这些车到达徐州东的时间列在图里，可以看到，这些车都是依次以间隔4分钟的距离到达徐州东的。
如果G352次晚点2分钟，在合福、合蚌高铁上，可能很容易追回来，但在京沪高铁上，因为前后车的距离都是4分钟，G352次没有提速的可能性，必须在10:50准时发车，否则后面的车就追上来了。
如果G352晚点了，就要一直等着，我这里的图没写完，G58后面，是G212次11:39到徐州东，然后是G1882次，11:43到徐州东，都是4-5分钟的间隔，直到G36次，11:52到徐州东，才有了十分钟的间隔，可以在这个时间段里加进去，到达徐州东的时间是11:48左右，到达徐州东时已经晚点20多分钟了。
因为京沪高铁徐州东-蚌埠南段太过于拥挤，晚点1-2分钟的跨线车可能要等十几分钟甚至几十分钟才有机会继续开行，别的线路因为不像京沪高铁这么繁忙，所以晚点1-2分钟产生的影响不大。
解决这个问题的根本方法是强制让旅客在蚌埠南换乘，然后把整个京沪高铁时刻表重排。但这在国内很难推行下去，首先是国内车站的站内换乘通道很难承担这么大的客流，而且国内旅客也习惯于坐直通车
暑运开始……京沪高铁和宁京快线迎来严峻考验。记者昨天在南京南站看到，除了个别车次出现晚点状况外，大部分车次准点发出，但宁京快线则基本全线晚点。昨天，南京南站客流已经接近三万。另外，昨天跑错站的旅客还是不少，更有旅客在南京站买了在南京站上车的高铁车票后，又“不辞辛苦”赶到南京南站来上车，结果不得不再跑回去。另外，针对旅客提问率比较高的“网络购票如何取票”等问题，记者也请专业人士为您做出解答。
大雨的考验
京沪高铁4个车次晚点
晚点都没超过一个小时
昨天下午，记者来到南京南站时，不少旅客已经围在服务台前，咨询改签事宜。“我是去虹桥赶飞机的，现在车子晚点未知，我想改签最近的一班，只要不晚点就行。”“您要是时间紧，可以拿这个票，直接上下一班车，只不过没有座位了；如果您时间来得及，可以去售票厅窗口改签一下，很可能会给您改签到座位。”
昨天，由于北京下雨，导致G123次晚点57分、G127次晚点30分，G121次晚点46分，G36次晚点55分。其他车次基本正常。不过，大部分旅客还是愿意多等一会儿。“有时候大雨也会对高铁的设备，比如路基有影响，所以要保证旅客的乘车安全，首先要保证设备的正常运行。”相关人士告诉记者。
“宁京快线”13个航班
只有一架准点起飞了
相比较高铁，“宁京快线”的航班就比较“悲剧”了，由于下雨缘故，某些时刻，首都机场的能见度小于1000米，达不到飞机起降条件，所以截止到昨天18:30，13架航班中，除了一班准点起飞外，其余均晚点一个小时左右，还有一班被迫取消。在南京南站，记者就碰到了一些从机场赶来换乘的乘客。“如果不是航班被取消了，我们其实不太愿意来换乘的，因为目前机场大巴还没有开到南站，我们得打车过来。”乘客方先生说。记者了解到，目前南站的机场大巴也正在协调中，过段时间，市民们也有望在南站坐到机场大巴。
赶车的纠结
跑错站的还是多
南京站的票，跑到南站来乘车
“我这张票，到哪个检票口上车啊？”昨天，市民郑鑫先生拿着G7017次上海到南京的车票，前来咨询。“您这个是在南京站乘车的。”客服员说。“啊？我这票就是在南京站买的，但现在高铁不都挪到南站了吗？我在南站不能上车吗？”郑先生很郁闷，因为他千里迢迢从南京站跑过来，如果他再坐地铁回到南京站，就错过了乘车时间。
南站的值班站长告诉记者，从南站经过的高铁，和从南京站经过的高铁，走的是不一样的线路。所以如果您买的是“南京——某地”的高铁票，一定要去南京站上车。如果买的是“南京南——某地”的车票，才到南站上车。
另外，南京南站值班站长还特地提醒旅客，检票时要右手持票：“不少旅客左手持票，检票后，他旁边的门开了又关上，结果自己倒没进去。”
原因如下：1、区间调度困难，某段时间旅客相对集中，客流密集、旅客进站上车难度加大，这样有可能导致旅客列车发车的延误；大量地开行临客，铁路运输能力处在超饱和的状态，列车运行调整难度显然也加大。
2、突然间的人流量增加，铁路的运行是严格按照运行图运作的，每个站间停留时间都是有规定的，但是突然的旅客量增多，上下车时间必然会增加，这样误点就会发生。
3、铁路设备故障，如铁路沿线的线路施工，事故发生，设备故障造成的线路限速限行，以及牵引列车的机车故障和操作失误造成的线路岔间损伤等等。
4、天气地质原因，如恶劣天气，暴风雨雪、大雾，以及道路塌方、山体滑坡造成的线路限行限速。
