位置不同。
嘉兴站位于浙江省嘉兴市南湖区城东路9号，站台规模为3台6线，建筑面积为15000平方米。
嘉兴南位于浙江省嘉兴市余新镇黎明村与余北村交叉口处，站台规模为4台8线，建筑面积为9985平方米。
班次情况不同。
嘉兴站班次情况：动车班次有28个班次，如D711、D717、D5415、D5483、D5484等；城际班次有14个班次，如C404、C412、C414、C481、C495等；直达特快列车有12个班次，如Z86、Z176、Z245、Z257、Z258等。
特快列车有18个班次，如T101、T211、T82、T169、T381等；快速旅客列车有70个班次，如K149、K336、K470、K759、K1372等。
嘉兴南站班次情况：高铁班次有195个班次，如G1388、G7338、G7355、G9247、G4730等；动车班次有40个班次，如D3202、D3135、D3323、D381、D2421等。
建设时间不同。
嘉兴站1909年2月建成投入使用；1997年1月16日，嘉兴站东侧站房投入使用；2020年5月6日，嘉兴站停办业务并进行改造；2021年6月25日，嘉兴站完成改造投入使用。
嘉兴南站2010年10月26日投入使用。2019年11月20日，车站取消纸质车票，实施电子客票应用。
以上内容参考：百度百科-嘉兴站；百度百科-嘉兴南站
杭州站的沪杭高铁列车目前只到上海虹桥站与上海新客站(即铁路上海站)，时刻表如下:车次 始发-终到 列车等级 发站 发时 到站 到时 里程 历时 硬座 软座 二等 一等 硬卧上/中/下 软卧上/下
G7362 杭州-上海 高速动车 杭州 06:14 上海虹桥 07:09 169 00:55 - - 78 124 － －
G7302 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 07:00 上海虹桥 08:01 169 01:01 - - 78 124 － －
G32 杭州-北京南 高速动车 杭州 07:18 上海虹桥 08:13 169 00:55 - - 76 123 － －
G34 杭州-北京南 高速动车 杭州 07:34 上海虹桥 08:36 169 01:02 - - 76 123 － －
G7382 杭州-南京 高速动车 杭州 07:50 上海虹桥 09:07 169 01:17 - - 78 124 － －
G7304 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 08:00 上海虹桥 08:55 169 00:55 - - 78 124 － －
G36 杭州-北京南 高速动车 杭州 08:17 上海虹桥 09:13 169 00:56 - - 76 123 － －
G7332 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 08:35 上海虹桥 09:43 169 01:08 - - 78 124 － －
G7306 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 09:00 上海虹桥 09:56 169 00:56 - - 78 124 － －
G52 杭州-天津西 高速动车 杭州 09:07 上海虹桥 10:03 169 00:56 - - 76 123 － －
G7334 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 09:18 上海虹桥 10:21 169 01:03 - - 78 124 － －
G38 杭州-北京南 高速动车 杭州 09:33 上海虹桥 10:28 169 00:55 - - 76 123 － －
G7336 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 09:41 上海虹桥 10:42 169 01:01 - - 78 124 － －
G7308 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 10:00 上海虹桥 10:55 169 00:55 - - 78 124 － －
G7384 杭州-南京 高速动车 杭州 10:08 上海虹桥 11:09 169 01:01 - - 78 124 － －
D5666 杭州-合肥 动车组 杭州 10:27 上海虹桥 11:37 169 01:10 - - 49 60 － －
G7338 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 10:40 上海虹桥 11:42 169 01:02 - - 78 124 － －
D5652 义乌-上海虹桥 动车组 杭州 10:48 上海虹桥 12:07 169 01:19 - - 49 60 － －
G7310 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 11:00 上海虹桥 11:49 169 00:49 - - 78 124 － －
G7340 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 11:21 上海虹桥 12:24 169 01:03 - - 78 124 － －
G7386 杭州-南京 高速动车 杭州 11:35 上海虹桥 12:38 169 01:03 - - 78 124 － －
G7312 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 12:00 上海虹桥 12:56 169 00:56 - - 78 124 － －
G40 杭州-北京南 高速动车 杭州 12:06 上海虹桥 13:02 169 00:56 - - 76 123 － －
G7342 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 12:36 上海虹桥 13:44 169 01:08 - - 78 124 － －
D5682 江山-上海虹桥 动车组 杭州 12:48 上海虹桥 14:10 169 01:22 - - 49 60 － －
G7314 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 13:00 上海虹桥 13:49 169 00:49 - - 78 124 － －
G42 杭州-北京南 高速动车 杭州 13:25 上海虹桥 14:21 169 00:56 - - 76 123 － －
G7344 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 13:37 上海虹桥 14:38 169 01:01 - - 78 124 － －
D5690 衢州-上海虹桥 动车组 杭州 13:42 上海虹桥 15:03 169 01:21 - - 49 60 － －
D5678 金华西-合肥 动车组 杭州 13:52 上海虹桥 15:15 169 01:23 - - 49 60 － －
G7316 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 14:00 上海虹桥 14:49 169 00:49 - - 78 124 － －
G7346 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 14:27 上海虹桥 15:29 169 01:02 - - 78 124 － －
G54 杭州-天津西 高速动车 杭州 14:45 上海虹桥 15:34 169 00:49 - - 76 123 － －
G7318 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 15:00 上海虹桥 15:49 169 00:49 - - 78 124 － －
G7348 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 15:20 上海虹桥 16:21 169 01:01 - - 78 124 － －
G7392 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 15:41 上海虹桥 16:44 169 01:03 - - 78 124 － －
G7320 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 16:00 上海虹桥 16:49 169 00:49 - - 78 124 － －
G7388 杭州-南京 高速动车 杭州 16:06 上海虹桥 17:14 169 01:08 - - 78 124 － －
G7364 杭州-上海 高速动车 杭州 16:20 上海虹桥 17:23 169 01:03 - - 78 124 － －
G44 杭州-北京南 高速动车 杭州 16:36 上海虹桥 17:31 169 00:55 - - 76 123 － －
G7322 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 17:00 上海虹桥 17:50 169 00:50 - - 78 124 － －
G7390 杭州-南京 高速动车 杭州 17:09 上海虹桥 18:13 169 01:04 - - 78 124 － －
G7350 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 17:25 上海虹桥 18:32 169 01:07 - - 78 124 － －
G62 杭州-济南西 高速动车 杭州 17:44 上海虹桥 18:40 169 00:56 - - 76 123 － －
G7324 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 18:00 上海虹桥 18:56 169 00:56 - - 78 124 － －
G7352 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 18:30 上海虹桥 19:39 169 01:09 - - 78 124 － －
D5654 义乌-南京南 动车组 杭州 18:41 上海虹桥 19:50 169 01:09 - - 49 60 － －
D5692 江山-南京 动车组 杭州 18:47 上海虹桥 19:59 169 01:12 - - 49 60 － －
G7326 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 19:00 上海虹桥 20:04 169 01:04 - - 78 124 － －
G7398 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 19:14 上海虹桥 20:19 169 01:05 - - 78 124 － －
G7328 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 20:00 上海虹桥 20:56 169 00:56 - - 78 124 － －
G7354 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 20:05 上海虹桥 21:07 169 01:02 - - 78 124 － －
D5664 金华西-上海虹桥 动车组 杭州 20:32 上海虹桥 21:42 169 01:10 - - 49 60 － －
G7396 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 20:48 上海虹桥 21:50 169 01:02 - - 78 124 － －
G7356 杭州-上海虹桥 高速动车 杭州 21:10 上海虹桥 22:17 169 01:07 - - 78 124 － －
