1、香港高铁造价太高，总共600多亿港元的造价，香港政府对此并未有合理的解释，决策不透明，这导致了香港居民难以接受。
2、为了保护环境和传统的生活方式，现在政府这个方案要拆迁一整个农村，很多年轻人就特别反对的是这个，还有农村原住民的反对，香港政府对于拆迁赔偿的方案有待商榷。
3、还有保卫香港身份的原因，1997年后香港以令人胆战心惊的速度向大陆靠拢和归属，香港仍然保有它的法治与自由，但随着它对大陆经济近乎病态性的倚赖，两地的文化差异正在不断缩小，而香港独特的文化身份也变得岌岌可危。
作为一个象徵，没有甚麽比将香港与深圳和广州串联成一个紧凑整体的高铁，更有力、更戏剧性地把香港“只是另一个大陆城市”的身份彰显出来。从这个角度看，至少在反高铁人士的心目中或潜意识里，反高铁要反的不仅是高铁，也是无止境、不加思索的香港大陆化趋势。
拓展资料为使发展高铁合理合利，港府信息发布的重点主要集中在三方面：
一是倘香港建不成高铁，势必不能与大陆接轨，最终会沦为竞争力落后的孤岛；若延误兴建，也会丧失先机。二是强调高铁的好处，包括节省时间、合理票价、减少排碳、促进就业及贯通大陆。三是把菜园村征地事件简化成赔偿问题，征地被反对，是赔偿不足，“加码”自可息事宁人。
综观目前香港高铁的反对者，大致有两批人:一批是从支持菜园村农民拒迁开始，逐步转变为反高铁的上世纪80年代出生的年轻人，他们主要是对高铁项目破坏居民的生活状态、引起空气和噪音污染表示愤慨。另一批人则是政党及“公共专业联盟”，他们批评高铁，有太多问号当局仍未交代，现阶段无法让高铁项目合理化。
参考资料：凤凰网
1.造价太高，每公里比武广高了几倍。2.终点站选址不合理。加剧西九能交通问题。
3.香港高铁只到深圳就与内地高铁接驳了，但是深港交通已经算是很发达，怕将来高铁建成会与其它交通行业出现僧多粥少的局面。
4.拆迁过程中受影响最大的是菜园村居民，他们不愿意搬家。
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