港澳通行证在公民所在地公安局的出入境管理处办理。
港澳通行证应当在公民所在地公安局的出入境管理处，或者户口所在地的分局出入境管理科进行办理。办理时要提供本人居民户口簿及复印件、居民身份证及复印件、一张小2寸半身免冠数码照片，除了照片之外其他都需要先准备好复印件。
往来港澳通行证，俗称双程证，是由中华人民共和国出入境管理局签发给中国内地居民，因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件。
办理流程
1、申请人可先在网上提前预约申请，或直接到现场提出申请，并按照规定填写中国公民出入境证件申请表，准备好需要提交的相关证明材料。
2、申请人需要提交本人数码照片两张，可直接在现场进行拍照。
3、申请人在工作人员的指引下进行指纹采集或者核验指纹，16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定，采集后拿号等待办理。
4、工作人员对申请人提交的材料进行初审，并出具缴费单给申请人。申请人到指定窗口缴纳办证及签注所需的费用，并领取回执单。
5、受理申请后，由省公安机关出入境管理机构负责制作电子港澳通行证，并将制作好的证件送回接受申请的出入境管理机构。申请人在制证完成后，到办理的出入境管理机构领取证件。
可以在全国范围内任一公安出入境管理机构或者自助签注机上办理。2018年9月1日起，内地居民可在全国范围内任一公安出入境管理机构异地申请换(补)发普通护照往来港澳通行证、往来台湾通行证可在全国范围内任一公安出入境管理机构异地申请往来港澳台团队旅游签注。
2019年4月1日起，中华人民共和国往来港澳通行证，实行全国通办。申请人异地申办赴港澳台团队旅游签注，还可在自助签注机上办理，立等可取。
《中华人民共和国公民出境入境管理法》
第一条为保障中国公民出入中国国境的正当权利和利益，促进国际交往，特制定本法。
第二条中国公民凭国务院主管机关及其授权的机关签发的有效护照或者其他有效证件出境、入境，无需办理签证。
第三条中国公民出境、入境，从对外开放的或者指定的口岸通行，接受边防检查机关的检查。
第四条中国公民出境后，不得有危害祖国安全、荣誉和利益的行为。
网上可以这样办港澳通行证：1、登录出入境网站，按提示要求填好相应内容；2、在申请的第四个工作日后，可登录网站查询申请是否已受理；3、申请受理后，可以在第10个工作日后，凭有效的港澳通行证、身份证、申请回执编号到市公安局出入境管理处领取签注。网上申请获得审批通过后，要制作签注，必须按规定交费用。法条
《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》第三条 内地公民因私事前往香港、澳门，凭我国公安机关签发的前往港澳通行证或者往来港澳通行证从指定的口岸通行；返回内地也可以从其他对外开放的口岸通行。指定的口岸；往香港是深圳，往澳门是拱北。
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