位置不同。
嘉兴站位于浙江省嘉兴市南湖区城东路9号，站台规模为3台6线，建筑面积为15000平方米。
嘉兴南位于浙江省嘉兴市余新镇黎明村与余北村交叉口处，站台规模为4台8线，建筑面积为9985平方米。
班次情况不同。
嘉兴站班次情况：动车班次有28个班次，如D711、D717、D5415、D5483、D5484等；城际班次有14个班次，如C404、C412、C414、C481、C495等；直达特快列车有12个班次，如Z86、Z176、Z245、Z257、Z258等。
特快列车有18个班次，如T101、T211、T82、T169、T381等；快速旅客列车有70个班次，如K149、K336、K470、K759、K1372等。
嘉兴南站班次情况：高铁班次有195个班次，如G1388、G7338、G7355、G9247、G4730等；动车班次有40个班次，如D3202、D3135、D3323、D381、D2421等。
建设时间不同。
嘉兴站1909年2月建成投入使用；1997年1月16日，嘉兴站东侧站房投入使用；2020年5月6日，嘉兴站停办业务并进行改造；2021年6月25日，嘉兴站完成改造投入使用。
嘉兴南站2010年10月26日投入使用。2019年11月20日，车站取消纸质车票，实施电子客票应用。
以上内容参考：百度百科-嘉兴站；百度百科-嘉兴南站
如图所示，12306官网查询显示，嘉兴南至重庆西的高铁时刻表如下：
最快10小时50分钟抵达
