1、南京至莫斯科航线
每周一班，机型为A330，航班号I4 9545/ I4 9546，共311个座位。每周二晚23：05到达，周三凌晨00：45南京起飞。执飞该航线的俄罗斯艾菲航空（I-FLY Airlines）成立于2009年12月，总部设在莫斯科，主要基地在伏努科沃国际机场。
2、南京至圣彼得堡航线
每周一班，机型为A330-200，航班号I49541/I49542，共311个座位。每周日23:00到达南京，周一凌晨1:00从南京起飞。该航班由俄罗斯艾菲航空公司执飞，整个航程约9个小时。
3、南京—名古屋航线
由吉祥航空执飞，目前每天1班。去程航班HO1601，北京时间每天上午从南京起飞；返程航班HO1602，当地时间每日下午起飞；航程约2到4个小时。
4、南京—东京
东航江苏有限公司南京至东京的航班号为Mu775／6，班期为每周四、周日各一班，适当时候还计划每周再增加一班。执飞该航班的机型为拥有158个座位的空中客车A320飞机，正常航班时间为08:10由南京起飞，11:00落地东京。
5、南京-马公
往返客运包机航班号为：FE255/FE256，每周2班，分别是周一和周五，马公-南京14:40-16:40；南京-马公17:40-19:50。航班采用MD-83机型，可载客165人。
参考资料来源：人民网-南京禄口机场添新航线 南京可直飞莫斯科
人民网-南京开通直飞俄罗斯圣彼得堡航线 每周一班
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