不经过，北京南到南京南的高铁经过济南西站，不过济南站
北京南→南京南经过的全部站点包括
北京南站
廊坊站
沧州西站
德州东站
济南西站
泰安站
曲阜东站
滕州东站
枣庄站
徐州东站
宿州东站
蚌埠南站
定远站
滁州站
南京南站
http://baike.baidu.com/view/141756.htm
您想问的是从北京南站最早发车的，还是到达南京的最早一班车啊。
前者：
G101 高速动车 北京南-南京南 07:00-11:01
G103 高速动车 北京南-南京南 07:05-11:13
后者：
D313 动车组 北京南-南京 21:11-06:21
D349 动车组 北京南-南京 21:17-06:28
（前一天晚上9点多发车，早上6点多到南京）
G44次列车该列车依次经过杭州东站、嘉兴南站、嘉善南站、上海虹桥站、苏州北站、无锡东站、镇江南站、南京南站、徐州东站、济南西站、沧州西站、北京南站。
G44次沿沪昆高铁和京沪高铁由杭州东站至北京南站，纵贯北京市、河北省、山东省、江苏省、安徽省和浙江省，连接中华人民共和国的首都、直辖市、国家中心城市、超大城市、国际大都市。
包括：北京市和浙江省省会、副省级市、浙江省的政治、经济、文化、教育、交通和金融中心、长江三角洲城市群中心城市之一、长三角宁杭生态经济带节点城市、中国重要的电子商务中心之一、新一线城市——杭州市。
历史沿革
2011年12月12日，杭州—北京南G40次改为G44次。
新京杭高铁为2011年开通的京沪高铁北京至南京段与刚开通的杭宁（杭州－南京）高铁打通形成，与老京杭高铁相比，新线路无需绕行上海。打通后北京与杭州之间的铁路时间距离变为5小时，比原京杭高铁缩短1个多小时。
