南京南站 到 南京站 没有直达夜班车，但是有地铁。
1.南京南站 乘地铁3号线(12站)末班车23：19分发往 南京站 23：47分到。
2.南京南站 乘地铁1号线(12站)末班车23：54分发往 南京站 00：25分到。
南京站：
南京火车站位于南京市玄武区龙蟠路111号，是中国铁路枢纽、国家铁路客运一等站、中国十大火车站之一。始建于1905年（清光绪三十一年），原址位于下关地区，1968年9月迁入现址，与南京长江大桥同时建成投入使用，原南京站改为南京西站。2005年7月中旬完成改建工程，并率先采用“高进低出”的方式，成为中国各地火车站新建改建的范本。
南京南站：
南京南站位于南京市雨花台区玉兰路98号，是中国铁路客运特等站、华东地区最大的交通枢纽，连接八条高等级铁路的国家铁道枢纽站，南京南站占地近70万平方米，总建筑面积约45.8万平方米，总投资超过300亿元人民币，其中主站房面积达28.15万平方米，是亚洲第一大火车站和亚洲第一大高铁站。
机场大巴是24小时，每隔20分钟发车一次，所以晚上十二点半的飞机到南京禄口机场，有机场大巴到南京南站。
1、南京禄口国际机场（IATA：NKG，ICAO：ZSNJ）位于南京市江宁区禄口街道，是江苏省和南京市的门户，是国家主要干线机场、一类航空口岸，华东地区的主要货运机场，与上海虹桥机场、浦东机场互为备降机场，是国家大型枢纽机场、中国航空货物中心和快件集散中心，国家区域交通枢纽。
2、机场大巴
（1）南京主城至机场
线路1：南京火车站东广场→城东龙蟠中路221号→机场
时间：5:00—21:00（20分钟一班）
线路2：南京河西万达广场→南京汽车客运南站→机场
时间：5:00—21:00（20分钟一班）
江北新区专线：班车点位于大厂葛塘松杨路二十六号（尚品馨苑北门），江北至机场发车时间为：05:10、09:30、13:30、17:30，全天四班班车。
3、机场承诺：如果城东、城西线旅客在飞机起飞前两个半小时，江北专线旅客在飞机起飞前三个小时乘上至机场的班车，因班车责任原因导致误机，机场将赔偿旅客机票改签或退票的差价损失。
4、机场至南京主城
机场1号线（城东线）：从早上第一个航班落地至当天最后一个航班结束，下客站为翠屏山宾馆、雨花广场、秦虹桥、西华门、南京火车站。（票价为20元/位）。
机场2号线（城西线）：从早上第一个航班落地至23：00。下客站为南京南站、中华门、水西门、汉中门、南京河西万达广场 。（票价为20元/位）。
江北新区专线：每天10:30、14:30、18:30、22:30。下客站为大厂葛塘松杨路二十六号（尚品馨苑北门）。
