馄饨起源于春秋晚期的吴国后都姑苏，今江苏省苏州市。
宋朝陆游的《对食戏作》曾写道：“春前腊後物华催，时伴儿曹把酒杯。蒸饼犹能十字裂，馄饨那得五般来。”可见馄饨的悠久历史了。关于馄饨的最早起源，目前有两个版本：
第一个来源是春秋战国时期，吴王夫差打败越国，日日花天酒地、歌舞升平，西施为了给他找新的乐子，做了这道面食，并命名“馄饨”，暗自讽刺夫差的浑浑噩噩、混沌不开。
第二个版本将历史推进到西汉时期，北方匈奴经常骚扰劫掠汉朝边境的百姓，于是老百姓用肉馅包成吃食，称作“馄饨”，代表北方混蛮的匈奴，吃了馄饨以求太平的生活。
馄饨是中国的传统食品，源于中国北方。
西汉扬雄所作《方言》中提到：“饼谓之饨”，馄饨是饼的一种，差别为其中夹内馅，经蒸煮后食用；若以汤水煮熟，则称“汤饼”。
古代中国人认为这是一种密封的包子，没有七窍，所以称为“浑沌”，依据中国造字的规则，后来才称为“馄饨”。在这时候，馄饨与水饺并无区别。
千百年来水饺并无明显改变，但馄饨却在南方发扬光大，有了独立的风格。至唐朝起，正式区分了馄饨与水饺的称呼。
馄饨的特色
1、以馄饨和水饺来比较：馄饨皮为边长约6厘米的正方形，或顶边长约5厘米，底边长约7厘米的等腰梯形；水饺皮为直径约7厘米的圆形。
2、馄饨皮较薄，煮熟后有透明感。亦因此薄厚之别，等量的馄饨与水饺入沸水中煮，煮熟馄饨费时较短；煮水饺过程中另需加入3次凉水，经历所谓‘三沉三浮’，方可保证煮熟。
3、馄饨重汤料，而水饺重蘸料。
各地的称呼
北京、上海：中国北方等地通常称为馄饨。
广东：因口音不同而沿“馄饨”之音称为云吞。英称“wonton”即原自广东话。
福建：俗称扁食，也有少数人称扁肉，肉馅一般是用槌敲打而成
四川：俗称抄手，川人嗜辣，有道名菜叫做“红油抄手”。
湖北：俗称馄饨，有人也称为水饺。
江西：俗称清汤。
日本：传自中国北方，沿其音称“ワンタン”(wantan)；写作“云呑”或“馄饨”。
台湾：闽南语称扁食。1949年前后，来自中国各地的移民把家乡的叫法带到台湾，因此在台湾馄饨、云吞、扁食、或是抄手的说法都很常见。
