毕节站客流组织采用“上进下出”的模式。进站:基本站台(即一站台)乘车的旅客，可由车站广场直接进入地面一层进站集散厅，安检后到达首层候车大厅，检票后直接到达一站台；中间站台的旅客安检后，通过扶梯进入地面二层高架候车大厅，检票后通过跨线天桥进入中间站台；出站:在基本站台下车的旅客，从基本站台直接进入出站集散厅，经检票后出站；在中间站台下车的旅客，通过进出站地道，到达出站集散厅，检票后出站；或者经地下出站通道，检票后到达站前广场地下层空间。
据初步了解，毕节站年底投运后，作为成贵高铁途中较大车站，日均通过和经停动车将达到100余趟。
2022毕节高铁站回家过年人口多。根据查询相关公开信息显示：2022年12月16日是成贵高铁毕节站开通运营三周年的日子，三年来，毕节高铁站累计发送旅客715.2万人，到达人数748.4万人，服务重点旅客4000余人。
