有两个出口：一个是抚仙湖的东北面叫海口的地方，通过海口流入南盘江，最后注入南海；另一个就是抚仙湖的西南边叫隔河（连接抚仙湖与星云湖的河道），以前是星云湖的水流入抚仙湖的，现在改道了，由抚仙湖流入星云湖然后再流入玉溪市的东方水库。
抚仙湖湖区属于表层湖水的原因是湖水都是从山上流下来的。湖水主要靠冰雪融水补给降水较多,稀释作用,含盐度较低湖区气温较低,蒸发量较小，有河流将湖水和盐分流出。上游降水量大，河流流量大带来大量泥。
抚仙湖，因湖水清澈见底、晶莹剔透，被古人称为琉璃万顷。是中国最大的深水型淡水湖泊，珠江源头第一大湖，属南盘江水系，位于云南省玉溪市澄江、江川、华宁三县间，距昆明70多公里。
抚仙湖属断陷湖类型，它是强烈的地面断裂活动所形成的地堑式盆地积水所致，所以湖泊长轴延伸方向与南北向构造断裂相一致。抚仙湖西南有一条约1公里的山谷河道——隔河（又称海门河），通向星云湖。星云湖的水面比抚仙湖高，湖水日夜从海门河流入抚仙湖。抚仙湖有一种著名的抗浪鱼，它喜欢抗浪逆行，但从不越过二湖之间的“界鱼石”进入星云湖；星云湖中有一种大头鱼，也常常沿海门河而下，但也不越过“界鱼石”而进入抚仙湖。这是因为二湖的生态环境不同。抚仙湖深度大，湖水清澈，透明度大，属于贫营养性湖泊。抗浪鱼适应于水深浪大、水草稀少和环境贫瘠的湖中生活。而星云湖为浅水湖泊，水绿色，透明度小，含有机质多，属于富营养型湖泊。大头鱼适应这种水温高、渔饵丰富的湖水生活。抚仙湖水源主要靠周围山地河川径流及泉水补给，其中与星云湖相通的海门河占入湖径流主体。抚仙湖的出水道有海口河和铁荪河，它们从湖东部流出后注入南盘江。抚仙湖具有蓄洪、灌溉、航运、发电等多种功能。湖贮水量大，灌溉着沿湖近20万亩土地。湖中有数条航线，担负着沿湖地区物资运输。它的出水口——海口河，长15公里，落差达385米，具有丰富的水力资源，现已建有水电站。抚仙湖除出产特有的抗浪鱼外，还产鲤、青、鲢、马鱼、金线鱼等20多种经济鱼类。
长久以来，在抚仙湖一直流传着各种各样的传说，其中一个就是“水下古城”。
