但是，长期以来，《本草纲目》中的一些内容有一些观点认为与现代知识不符。比如《本草纲目》认为铅粉辛、寒、无毒，而现代医学认为是剧毒。再比如《本草纲目》认为孝子的衣帽、寡妇的床灰、草鞋、房梁上的灰尘都可以入药。这就导致了当今社会的一些人对《本草纲目》的全盘否定。
《本草纲目》系统总结了16世纪以前中国的药物学知识和经验。被世人誉为“本草大师”、“中国古代百科全书”。其学术价值古今中外皆有公认，其实用价值不可小视。
首先，《本草纲目》对以往的本草著作中的许多重大疑点和错误进行了认定和纠正。在《本草纲目》“真假”一栏中，李时珍根据中医理论、个人临床经验和个人观察，指出了前代本草著作中对中药名称、产地、形状、气味、主治等方面的诸多误解。比如黄精能补中益气，而钩吻毒性大，绰号“青葙子”。历代草药分不清两者的形状，有的相似，有的不同，无法一致。李时珍经过长时间的仔细考察，明确肯定了这两件事的区别。再比如，自古以来，服用丹药的风气就很盛行。当时明世宗也沉迷于炼丹，但李时珍多次指出服用丹药的危险性。再比如水银，东晋葛洪写的《抱朴子》，历代各种草药都认为它不仅无毒，还能“长生不老”。李时珍对此的态度是实事求是地指出滥用汞的危害性，同时也认可汞的药用价值。
其次，增加了大量新药，可以临床使用。李时珍的《本草纲目》中有374种新药，有些在前代的本草著作中有记载，但没有单独列出。有的是他的《八百余册书考》，从方药著作乃至经史子集中搜集而来；有些是以前文献没有记载的，是他亲自走访和尝试发现的。这些新发现的药物中有许多至今仍在临床上普遍使用。如被李时珍归类为“止血、活血、止痛”的三七，能“除烦清热、利小便、清心安胎”的淡竹叶、土茯苓、紫草等，都是临床可用的药物。
第三，根据所述药物的功能，广泛收集以该药物为主药的处方。《本草纲目》中关于药物的各种学说所设立的“补方”一栏，收录了历代1万多个方剂。由于李时珍是来自民间的医学家，深知民间的疾苦和实际需要，所以收到的药方大多是五味以下的小方子，具有“药简、疗效特殊、价格低廉、使用方便”的特点。如白术用酒或水煎服，可治湿痹；香附可通过去毛、炒制、研磨和用热酒服用来治疗。炒杜仲。用酒可以治疗风寒伤肾引起的腰背痛等等。这些药方大多能取得良好的效果，其实用价值显而易见。
四是药品分类科学、合理、有序。分类的目的不仅是为了体现学科体系，也是为了方便查找。与神农本草开创的上中下三等的主观分类不同，《本草纲目》重在“随物类，随纲”。具体可以细分为四个部分:一是以部为纲，以类为旨。根据其自然属性，1892种药物被分为16类60目。十六个部分按照“从小到大”、“从便宜到贵”的原则排列，大致符合生物进化论。这种做法不仅为后世本草所继承，也为现代动植物分类学家所珍视。第二，以品类为纲，以医学为旨。因为毒品种类繁多，要区分形状相似的毒品的性质，鉴别是一物还是二物及其类别，远非易事。药品类别确定后，近2000种药品会有具体的归属地，读者可以根据地图进行搜索。第三，通名为纲，分名为序。例如，标准光束是关键环节，而黄色光束米、白色光束米和绿色光束米是目标。第四，“标名为纲，列事为旨”。即以药名为纲，以下八项(即事件)，即解释、治疗、气味、适应症、发明、正误、处方，内容广泛，描述详尽。是当时最先进、最完整的分类方法，也是最容易查对的排列方法。
当然，《本草纲目》也不是无懈可击的。
首先，《本草纲目》是一篇综述。李时珍在写的时候，只是一个信息的收集者，包括他能接触到的所有药物。它收集了所有有趣的东西，最后必然会是假的，但你只是要编一个集合，你没有能力去一一检验所有东西的真假。
其次，以现代人的眼光来看，《本草纲目》中有一些现在看来不可思议的“药”，比如寡妇床上的灰尘，房梁上的灰尘。草药书的编纂有两种方法:简单的和复杂的。清代的本草著作，如《本草纲目》、《本草复兴》等，大多是从《本草纲目》中选取疗效确切的常用药物编成书籍，属于简牍。而李时珍认为《本草纲目》的编纂要做到“学而不厌”，“凡被人用过的，都不能落下”，于是多方搜集，甚至包括一些“有名无实”的。李时珍的“从众”有其深刻的含义。他曾评价陈藏的《本草集》说:“天地万物，有无穷之物，有古今之别。如果有时候用房子，名字可能会变，但是在一个角落里就能看到，就能听到更多？”所以，“不能丢弃今天不知道的东西。”
第三，关于药味的一些误区。比如铅粉是无毒的，但是现代药理分析表明是有毒的。
但是很多人用《本草纲目》中一些当今社会不能接受的东西来嘲讽本草和李时珍。它被断章取义了
李时珍《本草纲目》开篇有:神农本草，其中只有一字，故其他皆在物中。至于后世的骨、肉、胆、血，都是咸的，叫药，很残忍。凡是被这个部门的人利用过的，都不会落下。
可以推测他本人是持怀疑态度的但他尽了最大努力去记录，他所有有意识的朋友都注意到了。
所以对于《本草纲目》的评价，可以借用鲁迅的观点。上个世纪，鲁迅先生以“凌飞”为笔名发表了一篇题为《科学史的教学》的论文。在谈到如何正确评价古代的社会文化现象时，他说，在评论某个时代的文化现象时，不要套用今天的标准，而要把自己放在当时的社会中，根据古人的思想，对比前代人和同时代人所达到的水平，做出更合理的评价。所以小毛病藏不住大酒量，也不伤《本草纲目》的崇高形象和社会价值。中医在今天受到了科学的质疑，但与《本草纲目》的评价无关。我们不能要求李时珍在他那个时代就有今天的科学素质。
