判断物种间的基因交流主要依据为：一个物种的基因在另一个物种体内能否正常表达（即转录翻译出相应的蛋白质）。cdna文库是根据mrna序列进行逆转录而建立的，其中保存的基因在任何物种体内都能连续编码相应的氨基酸，从而合成出正常的蛋白质。（绝大多数生物共用一套遗传密码）。所以不同物种之间可以通过cdna文库进行基因交流。但是基因组文库是直接从一种生物体内提取dna而建立的。而原核生物与真核生物的基因结构是不同的。原核生物的基因是连续的，全部都可以编码蛋白质。但真核生物的基因是不连续的，分为外显子和内含子。只有内含子才能编码蛋白质，而内含子是与外显子交错分布的。所以真核生物的基因中，编码蛋白质的区域是不连续的。所以原核生物的基因在原核生物或真核生物之间都可以正常表达，从而可以进行物种间的基因交流。但是真核生物的基因只有在真核生物体内才能通过真核生物特有的机制正常表达，在原核生物体内不能正常表达。所以基因组文库只能进行部分物种间的基因交流。即原核-原核，真核-真核，原核-真核生物间可以交流，但真核-原核间不能交流。
基因交流就是基因重组.某种生物的基因组文库包含着这种生物的所有基因,是用限制酶剪切然后连接上运载体然后导入受体细胞得来的.要知道,我们不能保证所有的基因都能被限制酶剪切完整,也就是说并不是所有的基因的两端都恰好能被那两百种限制酶中的某一种识别,也就是说,基因组文库中的所谓基因其实只能够说是DNA片断,这些片断可能正好是一个完整的某基因,也有可能是某基因的一个部分,还有可能包含有几个基因或他们的片断等,在这里,只有那些包含完整基因的片断才能够用于基因交流.所以,基因组文库中的“基因”只有部分能够在物种间进行基因交流
另外还有一种理解是：一个完整的基因具有非编码区和编码区两个区域 基因根据其功能大致可以分为三个部分：基因上游和基因下游是非编码区 前者有启动子,是调控基因 决定转录的开始 后者有终止子,终止基因转录 中间部分编码区是结构基因 用来转录出mRNA,其中还具有不能翻译成蛋白质的内含子 根据所学的知识,我们可以知道所有生物共用一套遗传密码 cDNA在反转录过程中只能反转录出能够转录成mRNA的外显子
说明cDNA全部的核苷酸序列可以转录成mRNA并且成功翻译成蛋白质
如果是基因文库中的DNA,由于内含子、启动子、终止子等调控基因的存在 其存在的核苷酸序列不像遗传密码一样所有的动物共用 因而 只有部分没有调控基因的DNA才可进行基因交流
